Les racines du cheval estonien remontent à l'époque préhistorique. Il descend directement du cheval sauvage des forêts d'Europe du Nord.

Isolement et Pureté : Contrairement à de nombreuses races européennes qui ont été massivement croisées au fil des siècles, le cheval estonien est resté remarquablement proche de son ancêtre primitif. Son isolement sur les côtes et les îles de la mer Baltique (notamment Saaremaa et Hiiumaa) a servi de barrière naturelle contre les influences génétiques extérieures.

Premières Mentions Historiques : Dès le XIe siècle, le chroniqueur Adam de Brême notait que les Estoniens étaient riches en chevaux d'une qualité exceptionnelle. À cette époque, ces petits chevaux étaient déjà essentiels pour les rites religieux, la guerre et le travail quotidien des populations finno-ougriennes.

Durant le Moyen Âge et jusqu'au XVIIe siècle, la réputation du cheval estonien dépasse largement ses frontières.

La Monture des Chevaliers et des Paysans : Bien que de petite taille, sa force et sa résistance en font une monture prisée. Sous la domination suédoise, le cheval estonien est massivement utilisé par la cavalerie. Sa capacité à survivre avec peu de fourrage tout en portant des charges lourdes sur des terrains marécageux est alors sans égale.

Exportation vers la Russie : Aux XVIIIe et XIXe siècles, des milliers de chevaux estoniens sont exportés vers la Russie impériale. Ils ont notamment servi de base à la création de la célèbre race Vyatka, témoignant de la valeur de leur patrimoine génétique pour améliorer d'autres souches rustiques.

L'arrivée de l'agriculture intensive au XIXe siècle pose un dilemme aux éleveurs estoniens : le petit cheval indigène suffit-il encore ?

La Scission des Races : Pour répondre aux besoins de travaux plus lourds, certains éleveurs commencent à croiser le cheval estonien avec des races de trait européennes, ce qui mènera à la création du Cheval de Tori.

La Résistance du Type Originel : Cependant, une partie des éleveurs, particulièrement sur les îles, refuse ces croisements. Ils s'attachent à préserver le type « pur », plus petit et plus polyvalent, capable de passer de la selle à la charrue sans faillir.

Le XXe siècle a été la période la plus critique pour la survie de la race.

L'Organisation de l'Élevage : En 1921, la Société des éleveurs de chevaux estoniens est fondée et le stud-book officiel est ouvert. C'est la première étape vers une conservation scientifique de la race.

L'Ère Soviétique : La mécanisation et la collectivisation des fermes sous le régime soviétique ont failli être fatales à la race. Les effectifs ont chuté drastiquement, le cheval étant perçu comme un outil obsolète.

Le Sauvetage (1990 - présent) : Avec le retour de l'indépendance de l'Estonie en 1991, un regain d'intérêt nationaliste et écologique a permis de sauver la race. Le cheval estonien a été déclaré « trésor national » et bénéficie depuis de programmes de conservation rigoureux soutenus par l'Union Européenne.

Aujourd'hui, l'histoire du cheval estonien se confond avec celle du peuple estonien lui-même. Il est présent dans le folklore, les chants traditionnels et les légendes. Il représente la ténacité, la frugalité et la capacité d'adaptation d'une petite nation qui a su préserver son identité malgré les pressions des grands empires voisins.