Il y a environ 9 600 ans, les changements climatiques ont limité les pâturages des plaines et les poneys se sont isolés sur les hautes terres connues sous le nom de « British Hill Pony ». Et c'est lorsque les Celtes se sont installés dans le pays, que ces chevaux sauvages ont été apprivoisés et entraînés afin de tracter leurs chars.
Les premiers enregistrements écrits sur l'Exmoor se trouvent dans le « Doomsday Book » quand la zone naturelle du Parc National d'Exmoor a été désigné forêt royale. Mais en 1818, la Royauté a décidé de vendre la forêt royale, située dans la zone de ce qui est aujourd'hui le Parc National d'Exmoor, à un industriel nommé John Knight (née en 1765 et décédé en 1850). Les tentatives de celui-ci pour améliorer la race ont, pendant un temps rencontré un grand succès, mais par la suite le nombre de chevaux a diminué, pour finalement disparaître.
Fort heureusement, des éleveurs avaient au préalable acquis des chevaux de John Knight. Sir Thomas Acland en avait acheté 30, ce qui lui a permis de fonder le troupeau Acland qui existe toujours sur Winsford Hill. Des agriculteurs de Withypool and Hawkridge, qui avaient travaillé pour Sir Thomas Acland, ont également créé des troupeaux, dont les numéros 1, 10, 12, 23 et 44 existent toujours.
L'amélioration des races étant une pratique courante, les responsables du troupeau Acland se sont mobilisés pour conserver la race à l'état pur, et c'est ainsi qu'a été créé la « Société des Poneys Exmoor » en 1921 au Lion Inn à Dulverton, ce qui a permis d'enregistrer ces petits chevaux primitifs dans un registre généalogique.
Mais la promotion de la race Exmoor loin de sa zone d'élevage était compliqué car cela impliquait souvent toute une expédition. Par exemple, pour participer à une présentation dans le quartier Islington à Londres à environ 330 kilomètres, il a fallu marcher sur une distance de près de 30 kilomètres jusqu'à la gare de Dunster pour ensuite faire voyager les poneys en Train.
Très populaire comme poney d'équitation pour les enfants dans les années 1930, sans doute grâce aux histoires du livre Moorland Mousie, publié en 1929, l'Exmoor était largement employé à toutes les tâches de la vie quotidienne de l'époque, comme le transport, la chasse et les travaux des champs. En parallèle de nombreux troupeaux, vivant à l'état sauvage dans le Parc National d'Exmoor, continuaient à évoluer loin de l'influence des hommes.
Comme beaucoup de races de chevaux, la fin des années 1940 a bien failli provoquer l'extinction du Exmoor. Une des causes principales étant que la famine avait poussé une partie de la population à voler des chevaux pour leur viande. Dans les années qui ont immédiatement suivi la guerre, Mary Etherington et James Grant Speed, co-fondateurs de la « Société des Poneys Exmoor », ont réuni les éleveurs afin, qu'ensemble, ils veillent à ce que le cheptel soit protégé.
Contributeur, depuis l'arrivée des premiers humains, tant en agriculture qu'en industrie, l'Exmoor a une très longue histoire au Royaume Uni et a partagé près de trente mille ans avec l'homme. Que ce fabuleux petit cheval, qui a toujours vécu en liberté et à l'état sauvage, dans un environnement difficile, dans lequel il s'est forgé, existe encore aujourd'hui, est un véritable miracle, surtout quand on sait qu'il a frôlé l'extinction pendant la Seconde Guerre mondiale.
Si de nos jours, la race est bien surveillée, son niveau de menace reste inquiétant. Au dernier recensement, il restait environ 100 à 300 juments capables de se reproduire, ce qui en fait une race en danger critique d'extinction. Il faut espérer que les mesures de conservation ne soient pas intervenues trop tard.
Les recherches sur cette race indigène ont montré qu'elle a conservée les mêmes caractéristiques depuis la période glaciaire.
Capable de s'épanouir à l'extérieur avec une alimentation pauvre, la moitié de la population de la race est sauvage et vit en liberté dans le Parc National d'Exmoor. Elle a été reconnue comme à risque à l'échelle nationale et rare en 2002.