La plupart racontent que ces petits chevaux argentins étaient les descendants des chevaux espagnols qui ont été amenés en Argentine par les Conquistadors lorsqu'ils sont arrivés au XVème siècle avec la ferme intention de conquérir le pays.

Après avoir été vaincus, ils ont décidé de laisser leurs chevaux derrière eux, qui pendant plusieurs siècles, ont évolué dans un environnement hostile où il se sont reproduits entres eux. Au fil du temps, la consanguinité a entraîné une réduction de la taille, ce qui a produit naturellement de petits chevaux.

En fait, pour mieux connaître les origines du Falabella, il faut retourner dans les années 1840, où des petits équidés ont été découverts au milieu de troupeaux, sans doute chez les indiens Pampas, près de la zone sud de Buenos Aires par Patrick Newell, et, à partir de ce moment là, il a décidé de développer son propre cheptel en sélectionnant les plus petits individus qu'il pouvait trouver. C'est ainsi que l'élevage sélectif a commencé il y a plus de 150 ans.

Patrick Newell a travaillé avec ces petits chevaux, et, afin de faire perdurer son élevage, il a transmis ses connaissances à son gendre, Juan Falabella. C'est ensuite une véritable chaîne humaine qui va se créer, en effet, Juan a partagé ses connaissances avec son fils Emilio, qui l'a transmis à son fils, Julio Falabella.

Pendant de nombreuses années, Emilio et Julio Falabella ont utilisé une grande variété d'équidés, parmi ceux-ci il y avait le Criollo type Pinto et l'Appaloosa. Afin de réduire la taille à son maximum, ils gardaient continuellement les plus petits individus avec le meilleur capital génétique possible sur chaque génération.

Petit a petit, Emilio et Julio Falabella réussirent à créer de minuscules chevaux de toutes les couleurs, y compris le pie et le tacheté, très rares et colorées, qui étaient leurs préférées. Dans les années 1950, Julio Falabella repris la ferme Falabella de son père.

Le plus grand développement et la perfection du Falabella ont été réalisés par Julio Falabella. En effet, grâce à son dévouement et à ses connaissances, il a réussi à produire de parfaits chevaux miniatures qui étaient parmi les plus petits du monde. Après un siècle de patrimoine naturel et de développement de la race, le Falabella avait atteint la plus petite taille possible et toutes les couleurs de pelage. Le travail enfin achevé, Julio a décidé de montrer le résultat de son travail au monde.

Dans les années 1960, Julio Falabella a envoyé le Falabella aux États Unis et dans d'autres pays. Plusieurs articles sur ce cheval miniature ont été écrits dans « Western Horseman Magazine » et « National Geographic Magazine », ainsi que dans d'autres magazines équins. La nouvelle s'est répandue au sujet de cette race de tous petits chevaux qui a été créée pendant des siècles à partir d'une reproduction naturelle et sélective sur plusieurs générations.

C'est ainsi que Julio Falabella et ses chevaux miniatures sont devenus célèbres, ce qui l'encouragea à continuer de les exporter dans le monde entier. De nombreuses célébrités et des gens fortunés se sont empressés d'en acheter. Parmi eux, se trouvaient des rois, des princes, des présidents et des stars de cinéma. Il n'était pas rare de payer des prix astronomiques pour certains des plus petits et des meilleurs chevaux de race Falabella élevés par Julio.

Au cours des années 1970, Julio possédait un grand nombre de Falabellas sur son immense Ranch dans des tailles aussi petites que 70 centimètres avec une conformation parfaite dans toutes les couleurs, et il n'était pas rare qu'il en importe en petit groupe.

C'est en 1973, que le Falabella est devenu une race officielle, qui fut enregistrée par le biais de l'« Association du Cheval Miniature Falabella » (FMHA).

Lorsque Julio est décédé en 1980, la ferme Falabella et le travail de sa vie ont été poursuivis en Argentine par son épouse, Maria Luisa de Falabella, leur fils Julio et leur fille, Maria Angelica Falabella. En 1995, Angelica a ensuite déménagé dans l'État de Caroline du Sud aux États Unis et a amené avec elle les meilleurs chevaux de son cheptel. Les deux fermes ont continué d'être les producteurs principaux et les exportateurs du Falabella dans le monde entier jusqu'à la retraite de Maria Angelica Falabella en 2006.

Le troupeau de Maria Angelica Falabella a été acquis par Laurie Stevens de Toyland Miniature Horses, et représente la lignée directe du Falabella originaire de l'Argentine.

Au cours de son évolution, il semblerait que le Falabella a reçu un apport du Pur Sang, du Criollo, de l'Arabe et du Shetland, en sélectionnant toujours les plus petits individus.

De nos jours, le Falabella est toujours présent à la ferme du même nom en Argentine et d'autres sont élevés aux États Unis, au Canada et en Europe. Le Falabella est sans doute la race miniature la plus célèbre au monde, pourtant elle reste peu commune, avec toutefois ses amateurs qui peuvent débourser jusqu'à 15000 euros pour un individu particulièrement petit.

Le Falabella non croisé est devenu assez rare, en effet, le dernier recensement effectué en Argentine dans les années 2000 donne un effectif de seulement 600 individus en race pure. Si l'on prend en compte ces chiffres, il n'est pas étonnant que l'étude menée par l'Université d'Uppsala en 2010 fait ressortir que cette race dite « locale » est considérée comme étant en danger d'extinction.