L'histoire du Cheval du Fleuve commence avec les mouvements des populations maures et berbères venant du Nord. Dès le Moyen Âge et jusqu'au XIXe siècle, les échanges commerciaux et les incursions militaires ont introduit le Cheval Barbe (originaire du Maghreb) dans la vallée du fleuve Sénégal.

Contrairement au poney M'Bayar (plus petit et autochtone), le Cheval du Fleuve est né du croisement entre ces étalons Barbes importés et les juments locales. Cette hybridation visait à obtenir un animal plus grand et plus élégant, tout en conservant une certaine résistance aux conditions climatiques tropicales.

Le berceau de la race se situe dans la vallée du fleuve Sénégal, s'étendant de Saint-Louis jusqu'à la région de Matam. C'est dans ce microclimat, plus humide que le Sahel environnant mais moins hostile que les zones forestières du Sud, que la race s'est stabilisée.

Au XIXe siècle, le Cheval du Fleuve est devenu la monture de prédilection de l'aristocratie guerrière des royaumes du Waalo, du Fouta Toro et du Djolof. Il était le symbole du statut social et de la puissance militaire. Sa taille supérieure au poney traditionnel lui conférait un avantage tactique lors des charges de cavalerie.

Pendant la période coloniale, les vétérinaires français ont commencé à répertorier et à classer les équidés sénégalais. Le « Fleuve » a été identifié comme un type distinct, plus proche du Barbe que les autres populations locales.

Le croisement d'un étalon du Fleuve avec une jument M'Bayar a donné naissance à une troisième race : le Foutanké.

Cette dynamique de croisements montre que le Cheval du Fleuve a servi de « race amélioratrice » pour l'ensemble du cheptel sénégalais durant une grande partie du XXe siècle.

Après l'indépendance du Sénégal en 1960, le Cheval du Fleuve a dû faire face à la motorisation des transports et à l'évolution des pratiques agricoles. Cependant, il est resté un élément central des courses hippiques, très populaires au Sénégal.

Dans les années 1990 et 2000, des efforts ont été entrepris par le Centre de Recherches Zootechniques de Kolda et les associations d'éleveurs pour préserver la pureté de la race. Le Cheval du Fleuve subissait en effet la concurrence de nouveaux croisements avec des Pur-sang Arabes ou des Pur-sang Anglais destinés à la vitesse pure, menaçant de diluer son patrimoine génétique original.