L'histoire du poney de Flores s'inscrit initialement dans le sillage des grandes migrations de chevaux en Asie du Sud-Est.

L'Héritage Mongol : Les ancêtres du Flores sont issus des stocks de chevaux mongols et chinois introduits dans l'archipel indonésien au cours du premier millénaire. Ces petits chevaux étaient déjà sélectionnés pour leur capacité à survivre dans des conditions climatiques extrêmes et sur des sols pauvres.

Expansion par le Commerce : Au fil des siècles, les échanges commerciaux entre les îles, notamment sous l'influence des empires javanais (Majapahit), ont permis de diffuser ces chevaux vers l'est de l'archipel, où ils se sont installés sur les pentes fertiles mais escarpées de Flores.

Contrairement à la majorité de l'Indonésie, restée sous influence néerlandaise, l'île de Flores a été pendant des siècles un bastion de l'influence portugaise. Cette particularité a profondément marqué l'évolution de la race.

L'apport de sang Ibérique : À partir du XVIe siècle, les colons et missionnaires portugais ont introduit des chevaux de type ibérique. Les croisements entre ces chevaux européens plus élégants et les poneys locaux d'origine asiatique ont doté le Poney de Flores d'une finesse de membres et d'une noblesse de port de tête supérieures à celles des autres races insulaires (comme le poney de Timor).

Le façonnement d'un type « Selle » : Cette influence a transformé un petit cheval de travail rustique en une monture plus réactive et athlétique, tout en conservant la robustesse nécessaire à l'environnement local.

Tout au long de son histoire, le poney de Flores n'a pas été qu'un simple outil de transport ; il est devenu une composante essentielle de l'organisation sociale.

La conquête des Volcans : Sur une île caractérisée par ses crêtes volcaniques et ses vallées profondes, le poney était le seul moyen de transport capable de relier les villages isolés de la montagne à la côte.

Le Cheval dans la Tradition : La race a été intégrée aux systèmes de dot (belis) et aux rituels sacrificiels ou festifs. Posséder un beau poney de Flores était, et demeure par endroits, un signe de prestige social et de respect des ancêtres.

Au cours du XXe siècle, l'histoire de la race a été marquée par l'arrivée des infrastructures modernes. L'ouverture des routes et la motorisation ont réduit le besoin utilitaire du poney, menaçant la pérennité de l'élevage traditionnel. Cependant, l'attachement des communautés locales aux courses de chevaux traditionnelles et aux cérémonies a permis de maintenir un noyau de population dynamique.