La race est considérée comme « critique » par le Livestock Conservancy. Dans les années 1980, elle a failli disparaître au profit du Quarter Horse, plus grand. Elle doit sa survie à quelques familles d'éleveurs traditionnels et à la création de la Florida Cracker Horse Association en 1989.

Le registre est fermé aux apports de sang extérieur. Seuls les chevaux pouvant prouver leur ascendance directe avec les lignées historiques espagnoles de Floride peuvent être enregistrés, afin de préserver la pureté de ce type ibérique colonial.

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