Nommé d'après de nom de son fondateur, le roi Frédéric II de Danemark, le Frederiksborg est né dans le Haras du château de Hillerødsholm, qui sera plus tard appelé Frederiksborg, à partir des meilleurs chevaux de divers haras royaux du pays, du Pure Race Espagnol et du Napolitain. L'objectif était de développer des chevaux de cavalerie, de dressage et de cérémonie d'apparat.

A la mort de Frédéric II en 1588, son fils Christian III du Danemark (né en 1577 et décédé en 1648), qui était, tout comme son père, très intéressé par l'élevage de chevaux, agrandi le haras en achetant, probablement, des étalons ibériques, mais également de Turquie, de Pologne, du Maroc, d'Angleterre, d'Égypte et de Frise. On peut considérer que Christian IV est le véritable fondateur du célèbre haras de Frederiksborg, notamment parce qu'il est à l'initiative de la mise en place d'une véritable administration.

Son élevage rencontra un tel succès, pendant près de 100 ans, que les chevaux du haras royal de Frederiksborg sont devenus célèbres dans toute l'Europe pour leur sang noble et leur élégance. A cette époque, ils ont été largement utilisés pour l'amélioration d'autres races dans de nombreux haras européens et ont reçu le nom de « Chevaux Danois ». Il est possible d'avoir une meilleure impression de l'apparence de ces chevaux à cette époque, en regardant la statue équestre située dans la cour du palais d'Amalienborg, car le sculpteur français Saly a réalisé le cheval du roi de 1753 à 1771, à partir des meilleures parties des étalons de Frederiksborg.

Autour de 1690, le Fredericksborg a commencé à être enregistré, ce qui en fait une des plus anciennes races d'Europe. Les nombreux croisements influent sur la race de manière négative, et entre 1700 et 1770 seuls les croisements en race pure seront autorisés au haras, où l'on recense, à cette époque, près de 800 individus.

Victime de son succès, le Fredericksborg, qui est trop souvent exporté à l'étranger, voit son cheptel local s'appauvrir au fil des années, ce qui provoquera le déclin de la race. A la suite de la diminution de l'effectif, le haras fut dissout en 1839.

Face à l'engouement pour les chevaux de type Pur sang, le Frederiksborg, qui est sur le point de disparaître, sera maintenu en orientant sa production vers l'attelage et les travaux agricoles. Mais suite à la généralisation de la mécanisation à partir de 1939 et la fin du cheval utilitaire, l'élevage s'oriente alors vers le cheval de selle et de loisir.

Quelques éleveurs passionnés, originaires du Danemark, décidèrent d'ajouter du sang a la race et des croisements avec le Frison, l'Oldenbourg, le Pur sang et le l'Arabe furent effectués. Mais le Frederiksborg, qui conservait un faible effectif, ne ressemblait guère aux premiers individus initialement produit.

L'organisation de race accepte peu de croisements contrôlés chaque année pour réduire le risque de consanguinité. Depuis 1950, moins de 5% de Sang Chaud du Danemark et l'Arabe d'Allemagne.

Il existe un programme de conservation pour la race pure reposant sur un groupe d'éleveurs, qui tente de garder une lignée pure. Un programme de conservation a été lancé en 1997 et un soutien financier est accordé aux éleveurs de mâles avec au moins 15/16 de sang Frederiksborg originel.

Longtemps menacée, cette race patrimoniale, bien surveillée, n'est plus en danger d'extinction. Lors du recensement de 2014, l'effectif de la race était d'environ 2000 individus, dont 200 juments et 40 étalons avec un peu moins de 100 naissances par an.

La « Frederiksborg Horse Breeder Association », qui est membre du groupe de pilotage national pour les chevaux danois, est l'association mère de la race au niveau mondial, et c'est la seule organisation agréée pour tenir le Stud-book du Frederiksborg.