L'histoire du Frison Oriental montre clairement que, malgré son nom qui fait immédiatement penser au Frison originaire des Pays Bas, il ne ressemble pas à ce dernier, mais à l'Oldenbourg dont il est particulièrement proche et avec lequel il a des origines communes. En effet, le cheptel du Frison Oriental et de l'Oldenbourg a été scindé en deux seulement à la suite de la division de l'Allemagne, au cours de l'année 1949, après la Seconde Guerre Mondiale (de 1939 à 1945).

Au cours des siècles jusqu'à la récente ère moderne, l'élevage de chevaux en Frise orientale a été une branche importante de la production agricole. Le sol et les conditions météorologiques sur la côte de la mer du Nord ont favorisé, en Europe Centrale, l'élevage de chevaux dans les régions d'Oldenbourg, de Frise du Nord et de l'Ouest. La valeur économique de la production de chevaux de trait agricoles et commerciaux était énorme et a favorisé l'ouverture des premiers livres de haras et d'étalons en Allemagne. En Frise orientale, il n'y avait pas de haras ni d'étalons d'État, de ce fait, l'élevage de chevaux était organisé exclusivement en privé. En développant des étalons, provenant essentiellement d'Oldenbourg, une base de jument a été créée dans la seconde moitié du XIXème siècle.

À la fin du XIXème siècle, les développements techniques et donc économiques ont irrévocablement changé les chevaux indigènes et les éleveurs furent obligés de s'adapter rapidement, afin de répondre efficacement aux exigences du marché, grâce à des mesures de sélection cohérentes. Mais après la Première Guerre mondiale (de 1914 à 1918), les bouleversements politiques et sociaux, les progrès techniques ont limité l'usage du cheval à l'agriculture et au transport.

En 1920, l'élevage a été radicalement changé afin de s'adapter aux nouveaux domaines de responsabilité. Des zones de procréation pour le Frison Oriental, ainsi que pour l'Oldenbourg ont vu le jour à Bade Wurtemberg, à Hessen, en Bavière, à Thuringe et à Saxe Anhalt.

A partir de 1960, la supériorité croissante des machines dans toutes les zones agricoles a entraîné l'effondrement des effectifs des chevaux lourds. Du jour au lendemain, l'achat d'un tracteur les rendait superflus et la majorité des agriculteurs les vendaient à la boucherie. Cette évolution a affecté tous les élevages de chevaux en Allemagne. Pendant ce temps, le cheval prenait une importance dans le domaine des sports équestres et populaires.

Afin de répondre aux exigences de performance du sport équestre moderne, un autre programme d'élevage fut mis en place à partir de 1964 par les éleveurs de la Frise orientale, mais le résultat obtenu limitait l'utilisation de ces chevaux en dressage et en saut d'obstacles.

La même année, il fut décidé d'utiliser le Hanovrien de Celle, un accord de travail a été conclu et les étalons loués ont été utilisés pour la première fois en 1965. Les étalons élevés uniquement en Frise orientale et Oldenbourg sont donc partis pour être remplacés par le Hanovrien, le Trakehner, le Pur Sang Anglais et l'Arabe.

En 1983, des passionnés se sont réunis pour réintégrer au moins une partie du cheptel restant de juments originales de la Frise Orientale et un étalon avec 50% de sang Hanovrien et 50% de Frison Friental a été choisi comme reproducteur. Cependant, les juments disponibles pour la reproduction n'avaient, pour la plupart, que 50% des parts génétiques du Frison oriental, de ce fait les poulains nés de ces croisements ne présentaient que partiellement les caractéristiques typiques de la race.

Il est donc devenu impératif d'utiliser des étalons de sang pur, comme ceux qui étaient encore détenus dans le dépôt d'étalons de Moritzburg dans l'ancienne RDA. En 1987, le jeune étalon nommé « Lord II », a été acheté en Saxe, ce qui a représenté une avancée décisive pour les éleveurs du Frison Oriental et de l'Oldenbourg. Après la réunification, un étalon du haras de l'État saxon de Moritzburg a été loué chaque année pour la reproduction en Frise orientale de 1991 à 1997. Dès lors, le sang de Saxe et de Thuringe a eu une influence particulièrement forte sur la population émergente du Frison Oriental. La préservation de cette ancienne race culturelle dans sa zone d'origine pouvait ainsi être assurée.

Peu connue hors de son pays d'origine, le Frison Oriental reste rare, en 2016 l'effectif était seulement de 183 individus en race pure.