Au début des années 1500, Hernan Cortes (né en 1485 et décédé en 1547) apporta également des chevaux à Cuba en provenance de l'Espagne. Lorsqu'il a envahi le Mexique en 1519, en établissant une forteresse près de Veracruz, il a amené certains de ces chevaux, qui ont considérablement impressionné les indigènes. Pour faciliter la conquête des peuples autochtones, les Espagnols ont utilisé leur croyance et leur fascination devant ces chevaux, pour leur faire croire que les Espagnols étaient des « dieux ».

Pendant le reste du XVIème siècle, les conquistadors, les colons et les missionnaires, ont continué à amener des chevaux, dont certains étaient petits et avaient une démarche souple, dans ce qui est aujourd'hui le Mexique.

Beaucoup de ces chevaux se sont finalement échappés, ou ont été libérés, pour former des hardes sauvages dans les montagnes intérieures du pays. Ils se sont reproduits, loin de la sélection artificielle des hommes, et ont été forgés par la sélection naturelle, pour donner ce petit cheval qu'est aujourd'hui le Galiceño.

Au cours des siècles suivants, les habitants locaux ont commencé à en capturer afin de les domestiquer et le petit cheval qui en est finalement ressorti fut particulièrement apprécié dans les régions côtières.

Le Galiceño, qui était employé par les Espagnols dans les mines d'argent et comme cheval de trait, s'est déplacé plus au nord avec les missions espagnoles, et a quelquefois été laissé à l'abandon lors de combats ou volés par des Indiens. Ces derniers ont fini par s'intégrer parmi les troupeaux Mustang de l'Ouest américain.

C'est en 1958 que 135 individus de la race Galiceño, dont la plupart, ou peut être tous, étaient des chevaux sauvages du Mexique, ont volontairement été importés aux États Unis. Un an plus tard, au cours de l'année 1959, fut créée Galiceño Horse Breeders Association afin de préserver la race, et en 2005, près de 7000 individus ont été enregistré en Amérique du Nord. Certains ont également été enregistré dans le registre américain des chevaux indiens, qui a pour objectif de conserver les lignées de chevaux élevées par les Amérindiens aux États Unis.

Considéré comme une « race locale » distincte issue des premiers chevaux espagnols de l'Amérique, le Galiceño du Mexique est très pur, car il a vécu dans l'isolement total, sans aucun échange génétique avec d'autres races. Bien que des milliers aient été introduits aux États Unis dans les années 1950 et 1960, le Galiceño, qui est devenu très rare en race pure, est désormais considéré comme en danger critique d'extinction par le Livestock Conservancy. Défini comme « race du patrimoine », son effectif est probablement de moins de 100 individus purs, la plupart n'étant pas en situation de se reproduire.