La théorie la plus probable sur l'origine du Galicien, en race pure, soutient que ce sont les peuples celtiques, qui sont arrivés dans le nord de la péninsule ibérique vers le VIIème siècle avant notre ère et VI siècle avant notre ère, qui ont introduit des chevaux qui possédaient une petite tête, des oreilles courtes, une forte croupe et une robe grise foncée, plutôt primitive. D'ailleurs, ces chevaux de la péninsule septentrionale, autres que le Poney des Asturies, sont mentionnés par des auteurs classiques, comme les poètes Gracio et Silio. Le capital génétique de ces chevaux a évolué durant des siècles, se différenciant par les conditions environnementales et l'intervention de processus de métissage donnant lieu à diverses races liées à la Galice.

Vivant généralement en semi liberté dans les zones montagneuses de la Galice, le Galicien a également été exploité par l'activité humaine dans les temps anciens comme animal de combat, puis pour le travail rural, et, dans une moindre mesure, pour la production et la consommation de sa viande.

Avec la généralisation de la mécanisation, qui a provoqué l'augmentation d'élevages destinés à l'industrie alimentaire, au cours des dernières décennies du XXème siècle, la population des chevaux de montagne génétiquement pure a diminuée, à cause de multiples croisements destinés à développer des races plus lourdes.

Suite à cela, le Galicien, en race pure, est devenu de plus en pus rare, jusqu'à être en danger d'extinction. Dans ce contexte, à la fin des années 1980, diverses initiatives visant la protection et la conservation ont été mises en place, à l'initiative d'organisations internationales telles que les Nations Unies et la FAO.

Bénéficiant, de nos jours de mesures de protection, le Galicien est toujours rare, mais, fort heureusement, ses effectifs augmentent, comme le montre les derniers recensements. En effet, 650 individus ont été enregistrés en 2003, 1298 en 2007 et 1500 en 2011.