Ancienne race autochtone, le Garrano a des origines qui reposent sur plusieurs théories, toutefois, il est possible d'affirmer, grâce à une étude espagnole, qu'il est lié aux races de chevaux dites « Cantabriques Pyrénéennes », ce qui l'apparente à l'Asturcón, au Jaca Navarra, au Mérens et au Pottok.

D'après certains spécialistes, il a une ressemblance certaine avec des chevaux que l'on peut apercevoir sur des gravures paléolithiques du site archéologique de Foz Côa situé dans la vallée de Côa. Tandis que d'autres le situe parmi le poney celtique, Ruy de Andrade atteste qu'il s'agit d'une race autochtone péninsulaire qui remonterait au quaternaire. Quoi qu'il en soit, ce petit cheval à largement été représenté sur des peintures rupestres du paléolithique supérieur.

La thèse où on situe le Garrano sur le territoire du Minho depuis le quaternaire est soutenue par les responsables du livre Généalogique de la race. On sait qu'à l'âge de fer, des chevaux de petites tailles et très résistants, ont étés introduits par les Celtes lors de leurs nombreux déplacements. L'hypothèse des origines celtiques du Garrano est renforcée par l'étymologie du nom de la race, en effet, « garrano » serait un dérivé du mot celtique « garra » ou « gerran » qui signifie « cheval ».

Les résultats obtenus, suite à l'étude génétique qui a été réalisée par le centre des sciences animales de l'université de Porto, a démontré que cette race de poneys a un grand indice de variabilité génétique, car cinq nouveaux gènes, qui sont absents sur d'autres races déjà étudiées, ont été trouvés sur le Garrano.

Très menacée d'extinction, le Garrano, qui est l'une de proies du loup portugais également protégé, vit en semi-liberté dans le Parc National de Peneda Gerês situé dans la région du Minho au nord ouest du Portugal. Il évolue dans ce parc entouré d'une végétation diversifiée et dans un environnement montagnard où les hivers sont rigoureux et les étés très chauds.

En 1970, le premier plan de conservation a été mis en place, accompagné de la création d'un dépôt d'étalons, qui a malheureusement eut peu de succès, car les reproducteurs étaient élevés trop loin du parc où évoluait les troupeaux du Garrano. Afin d'endiguer le déclin, dont les effectifs vont continuer à diminuer jusqu'au début des années 1990, la CEE va prendre des mesures pour soutenir les éleveurs qui s'engageront à produire une lignée pure enregistrable dans un Stud-book. Le standard de la race sera établi par les Haras nationaux portugais (Serviço national coudélico), le Stud-book sera ouvert en 1993 et l'Association Portugaise du Garrano (ACERG) mettra en place un véritable plan de dynamisation de l'élevage local. Grâce à ce travail acharné, il a enfin été possible d'identifier et de marquer de tous les individus de la race et deux générations de poneys, sélectionnés selon le standard, verront le jour.

Croisé au XIXème siècle avec l'Arabe, qui lui fera perdre ses caractéristiques originelles, le Garrano, qui a amélioré d'autres races, serait l'ancêtre de l'Andalou, du Galicien, et, lors de son exportation en Amérique par les colons ibériques, il sera, notamment, à l'origine du Galiceño.

Cette petite race locale, signalée comme rare en 2018, comptait, lors de l'évaluation de 2012, près de 2000 individus, et en 2017, ce chiffre va doubler, ce qui prouve que l'investissement des divers intervenants a eu un impact positif sur le Garrano.