Le Groningue est issu du cheval nordique indigène élevé pendant plusieurs siècles le long des côtes du nord des Pays Bas, de l'Allemagne et du Danemark. Il a été croise autour de 1870 avec des étalons de race Oldenbourg et Frison Oriental. Puis dans les années 1880, il a commencé à être élevé dans un contexte de Stud-book. Grâce à sa polyvalence, la race est devenue plus populaire au Pays bas jusqu'au début du XXème siècle.

Après la Première Guerre mondiale (de 1914 à 1918), l'utilisation de chevaux plus légers a fortement diminué suite à la généralisation de la mécanisation. En effet dans l'agriculture, le besoin de chevaux plus lourds était prédominant, car les outils agricoles demandaient plus de puissances. Pour remédier à ce problème, il a fallu modifier le Groningue qui est devenu un cheval à sang chaud très lourd.

Après la Seconde Guerre mondiale (de 1939 à 1945), les tracteurs ont remplacé peu à peu le cheval et le sport équestre s'est parallèlement développé. Le Groningue à donc fait machine arrière en reprenant sa morphologie légère du passé. Le croisement avec le Holstein, le Trakhener et le Pur Sang a permis d'aboutir au modèle souhaité en peu de temps.

Mais la demande croissante de chevaux d'équitation spécialisés diminua les débouchés de chevaux polyvalents comme le Groningue. C'est ainsi que dans les années 1980, il a failli de disparaître en tant que race, car il n'y avait presque plus d'individus purs aux Pays Bas.

En 1978, des passionnées ont réussi à sauver le dernier étalon de Groningue « Baldewijn » de la boucherie. Ils se sont ensuite attelés à rechercher le plus de juments de Groningue possible pour relancer l'élevage.

Il a fallu aussi organiser l'élevage en créant l'Association du cheval de Groningue le 25 février 1982. Même si la race est encore rare, le Groningue revient de loin, car lors de la création du Stud-book, seulement un étalon et une vingtaine de juments sont enregistrés, alors qu'en 2019 le cheptel était d'environ 1 500 individus avec un faible pourcentage de consanguinité.

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