L'Haflinger à une histoire qui remonte au Moyen Âge, en effet des écrits attestent de la présence de petits chevaux au Tyrol du Sud. Lorsque Louis IV de Bavière se maria avec Marguerite de Maultasch en 1342, il offrit à son fils un de ces chevaux.

Il est probable que cette race originelle a été croisée avec le Norique et des étalons orientaux. Les premiers individus apparurent en 1282, mais ne prirent le nom de Haflinger, tiré du village d'Hafling Bei Meran, que le 2 mais 1898, par un décret du Ministère de l'Agriculture.

Joseph Folie, un modeste agriculteur de Schluderns près de Hafling, va, sans le savoir, jouer un rôle primordial dans l'évolution de la race en 1873, quand il conduira sa jument à la saillie. L'étalon choisit était un demi-sang Arabe doré nommé El Bedavi XXII. Il était né en Hongrie en 1868 et avait été acheté par le dépôt d'étalons au Haras de Stadl Paura, dans l'État de Haute Autriche en 1872.

Le fruit de cette union naîtra en 1874 dans l'écurie de Joseph Folie. C'était un magnifique poulain, nommé « Folie », en l'honneur du fermier, qui deviendra le père fondateur du Haflinger.

Le premier syndicat d'élevage vit le jour à Mölten près de Hafling en 1904.

Après la Première Guerre Mondiale (de 1914 à 1918), l'Haflinger va connaître des changements décisifs. En effet, lors des accords de Saint Germain en 1919, a l'issue du traité de paix, la zone sud du Tyrol va être rattaché à l'Italie, ce qui va avoir pour conséquence le changement de nom de la ville d'Hafling en Avelignese.

Cette frontière est une véritable catastrophe pour le Haflinger, car elle sépare les juments du dépôt d'étalons. Malgré tout, l'élevage resté en Autriche dans le Tyrol du nord va continuer, quant au sud du Tyrol, le nom de la race va être changé en Avelignese.

La création du Stud-book officiel date de 1926, s'en suivra l'inscription d'une centaine de jument sous le nom de « Original Haflinger Studen ». Ensuite une autre centaine, achetée au préalable en Italie, va rejoindre le premier lot dans le Stud-book en 1927. Dans le même temps sept lignées vont être mise en place.

Au cours de la Deuxième Guerre mondiale (de 1939 à 1945) l'Haflinger va se distinguer en tant que cheval militaire. Lorsque la guerre prendra fin, Otto Schweigut va être élu président de l'association des éleveurs et il aura la lourde tache de reconstruire et de promouvoir la race. Pendant 40 ans, il va s'invertir pour valoriser le cheptel à travers le monde, jusqu'à sa succession de son fils Johannes.

Otto Schweigut va devoir faire face à la tutelle américaine, intervenu après la guerre. En effet, pour combler la pénurie alimentaire, les américains demande l'abattage des étalons du dépôt, mais Otto Schweigut, toujours investi dans sa tâche, va obtenir l'autorisation de sauver une trentaine d'étalons. Les éleveurs vont procéder à une nouvelle sélection au coeur du cheptel restant et des règles d'élevages stricts vont être mise en place.

L'Haflinger va débuter sa conquête international dans la seconde moitié de XXème siècle, lors d'un grand show organisé à Innsbruck. S'en suivra l'exportation de la race en France, en Allemagne, en Suisse et dans l'ex-Yougoslavie. Puis il arrivera aux États Unis en 1958, en Hollande, en Belgique, en Hongrie, en Albanie, au Royaume Uni, en Australie, au Canada et dans bien d'autres pays en 1963, puis au Bhoutan et dans l'Himalaya en 1968.

La création de la « Association Tyrolienne pour l'Évelage de Chevaux Haflinger » en 1975, qui regroupe l'ensemble des associations d'une vingtaine de pays à travers le monde, marquera l'apogée de l'Haflinger.