L'Hanovrien a des origines qui remontent au XVIIème siècle, période pendant laquelle les « chevaux blancs du Hanovre » étaient particulièrement recherchés.

Par la suite l'Armée va sélectionner, parmi les meilleurs chevaux de selle, les plus élégants et les plus raffinés afin qu'ils puissent transporter les aristocrates. A cette fin, des juments locales vont être croisées avec des étalons Napolitains, Ibériques et Orientaux.

Au cours du XVIIIème siècle, la race sera croisée avec des chevaux de Prusse, d'Italie, d'Espagne, du Danemark, des étalons Holstein à la robe noire et le Pur Sang, ce dernier servant à alléger le modèle.

L'Hanovrien est devenu, au milieu du XIXème siècle, un cheval de selle léger et dynamique, mais peu adapté aux travaux agricoles. Des croisements vont alors être à nouveau mis en place pour augmenter sa force et sa puissance. Le modèle souhaité devait être apte tant à la selle qu'à la traction de travail.

L'année 1888 verra naîtra le Stud-book de l'Hanovrien fondé par la Société Royale d'Agriculture.

Comme beaucoup d'autres races, la Seconde Guerre Mondiale (de 1939 à 1945) va provoquer le déclin de la race. Ensuite ce sera la généralisation de la mécanisation qui prendra la relève pour un peu plus affecter le cheptel.

Afin de relancer l'élevage, des croisements sont entrepris avec le Trakehner, Pur Sang, l'Anglo Arabe et l'Arabe. Le résultat sera un bon cheval de selle et de sport, qui a conservé sa force et sa solidité d'autrefois.

La popularité à l'échelle internationale débute à partir des années 1970 où le Hanovrien est exporté en Australie, aux États Unis et en Nouvelle-Zélande. S'en suivra la création de l'« American Hanoverian Society » en 1978 et une société d'élevage commune pour l'Australie et la Nouvelle Zélande en 1981, qui sera par la suite individualisé par pays en 1993.