Issu des chevaux primitifs ibériques qui ont été influencés par le poney Celte, le Jaca Navarra est une race qui serait apparentée au Pottok, au Garrano et à l'Asturçon. Son histoire commence à l'époque où l'installation d'un agriculteur dans la région de Navarre, lui valait de se voir offrir une jument de ces chevaux locaux. La progression de la race sera toutefois stoppée par la généralisation de la mécanisation au cours du XXème siècle.

Le Jaca Navarra va connaître un déclin qui va pousser les élus de la région à soulever des fonds pour préserver les individus du cheptel les plus représentatifs de la race en 1982. C'est en 1999, que l'Asociación de Criadores de Ganado Equino Jaca Navarra va voir le jour, et, lorsque le standard sera clairement défini en 2001, le Stud-book sera créé. Malgré les efforts des éleveurs, le Jaca Navarra est déclaré en danger d'extinction en 2003.