Sans doute relâchée ou laissée livrée à elle-même, cette population équine, signalée dans le centre de l'île en 1876, est redevenu sauvage et a ensuite été domestiqué par les habitants.

C'est avec l'arrivée de l'Exmoor, amené par le commandant George Gwavas Carlyon entre 1858 et 1875, que l'histoire du Kaimanawa va commencer.

Tout d'abord les chevaux locaux vont être croisés avec l'Exmoor pour créer le « Carlyon ». Ce dernier va à son tour être croisé avec le Welsh, qui est apporté par Sir Donald McLean, et le fruit de ce croisement donnera naissance à la race Comet.

Enfin, le Comet va être croisé avec les chevaux sauvages de Kaimanawa. Un étalon Arabe, relâché par Nicholas Koreneff dans la région de Argo Valley, et les chevaux de cavalerie de Waiouru, auraient aussi influencés la race dans les années 1960.

Par la suite, le Kaimanawa à poursuivi son évolution à l'état sauvage et s'est parfaitement adapté à son environnement. Mais l'essor de l'agriculture va fortement restreindre son espace de vie et provoquer une forte diminution des effectifs.

Des mesures de protection vont être mises en place, dont une aire protégée dédiée au Kaimanawa, le camp militaire de Waiouru, ce qui va relancer l'élevage.