Originaire de l'Ouzbékistan, le Karabair, qui constitue la plus ancienne race d'Asie Centrale, dans l'ex-URSS, est probablement issu de chevaux des steppes croisé avec de l'Arabe, le Turkmène et l'Argamak, aujourd'hui disparu, puis a sans doute été influencé par le Persan, le Mongol et le Kirghiz.

Il est rare de pouvoir remonter aussi loin dans les origines d'une race équine, en effet, on peut retracer son histoire jusqu'aux anciens chevaux de la steppe qui ont été amenés par les chinois, ces derniers l'ont désigné, document à l'appui, comme une race unique.