Originaire des montagnes du Caucase en Turquie, le Karachai est une race issue de chevaux locaux, des chevaux de la Steppe et de chevaux orientaux. Le nom de la race va être supprimé lorsque le Karachai va fusionner dans le Stud-book du Kabardin au cours de l'année 1942.

Dans les années 1950, il va être croisé avec le Pur Sang et le Kabardin, pour ensuite retrouver sa place de race distincte. Le Karachai, avec le Kabardin, sont les seules races de chevaux originaires du Caucase à encore exister de nos jours.