On compte aujourd'hui environ 150 à 160 individus seulement. La reproduction est gérée de manière scientifique par la Kiso-uma Hozonkai (Société de préservation) pour éviter la consanguinité.

Le cheval Kiso est quasiment absent hors du Japon. Il n'existe aucun élevage commercial de cette race à l'étranger. Son statut de « Monument Naturel » en fait un patrimoine national que le Japon cherche avant tout à stabiliser sur ses terres d'origine.

Le principal défi est le manque d'espace et de successeurs parmi les jeunes éleveurs, bien que le soutien du gouvernement et le tourisme local aident à maintenir les effectifs.

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