Le Kladruber, nommé Starokladrubsky Kun dans son pays, est né de la volonté des forces armées et des écoles d'équitation d'Europe Centrale qui souhaitaient posséder un cheval robuste et agile à la fin du XVIème siècle.

En 1562, l'empereur Maximilien a ramené en Bohème des chevaux espagnols utilisés lors des cérémonies officielles et les a relâchés dans son domaine de chasse où il bâtit la cité de Kladruby. Une fois le chantier achevé, l'empereur Rodolphe y créa le haras impérial de Kladruby (le plus ancien au monde) en 1579 où il sera élevé à partir de ce moment là sans interruption.

Sous influence napoléonienne au début du XIXème siècle, l'Europe entière portât son intérêt vers les chevaux d'origines anglaises. Mais la famille des Habsbourgs resta fidèle au cheval de Kladruby, la famille restera propriétaire des haras jusqu'à la fin de la première guère mondiale, date de fondation de la Tchécoslovaquie.

Les chevaux de Kladruber sont de très grande taille à l'époque, 1,83 mètre en moyenne, ils sont attelés par six, voire par huit chevaux et tirent les carrosses des plus grandes courses. Simultanément, l'archiduc Charles II, le frère de l'empereur Maximilien II fonde lui aussi son haras dans la localité de Lipizza.

Au cours du XVIème et XVIIème siècles, les deux haras vont travailler à l'amélioration de la race. Kladruby se spécialise dans l'élevage de chevaux d'attelage alors que Lipizza se spécialise dans celui de chevaux légers.

Il y a un siècle et demi, des croisements ont été faits en vue d'améliorer la race. Ils se sont soldés par des échecs jusqu'au croisement avec un Arabe en 1921.

La généalogie des blancs commence par l'étalon « Pepoli » né en Italie en 1764. Cette ligne blanche est toujours présente.

En 1995, le haras national a été proclamé monument culturel classé et ce nouveau statut concerne aussi la race des chevaux qui y sont élevés. Le haras national de Kladruby est le seul à gère le registre des données sur les chevaux de République tchèque.