Il n'existe pas d'élevage structuré de Koto Koli en dehors de l'Afrique de l'Ouest. C'est une race dite « locale » ou « de terroir ». Elle est cependant étudiée par des généticiens internationaux pour ses gènes de résistance aux maladies parasitaires.

Aujourd'hui, la race est menacée par le métissage. Pour obtenir des chevaux plus grands et plus prestigieux pour les fêtes, les éleveurs croisent souvent les juments Koto Koli avec des étalons Barbes ou Dongola. Cela dilue le patrimoine génétique originel et réduit la résistance naturelle de la population.

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