Les premières sources sur l'origine du Kouznetsk remontent au début du XIXème siècle aux alentours du fleuve Ob situé dans l'ouest de la Sibérie et son affluent droit le fleuve Tom en Sibérie centrale dont le bassin versant se trouve dans la République de Khakassie, l'Oblast de Kemerovo et l'Oblast de Tomsk. Pour certains il serait initialement le fruit du croisement entre le Bachkir, le Kalmouk et le Bityug, tandis que pour d'autres il serait issu du Mongol, du trait belge, de l'Orlov et de l'Anglo Normand, cette dernière étant la plus probable.

Les modèles initiaux donnent un résultat peu harmonieux avec des individus jugés morphologiquement défectueux. C'est grâce à des fermes d'élevage locales, qui vont influencer la race avec l'Orlov, le Standardbred et le Pur sang, que le modèle va devenir satisfaisant. Jusqu'en 1917, la race sera aussi croisée au haras national de Tomsk avec le Belge et l'Anglo Normand.

La race va alors se répandre auprès des habitants qui vont coloniser la Sibérie. Comme beaucoup d'autres races les deux Guerres Mondiales, pendant lesquelles le Kouznetsk va être réquisitionnée, vont littéralement anéantir la race.

La première station d'élevage va fermer ses portes dans les années 1950 et l'élevage ciblé de la race ne va reprendre qu'en 1983, toujours dans la région de Novosibérie avec plus de 500 chevaux. En 1986, une autre station d'élevage a été créée dans la région d'Uninsk, où 40 juments ont été collectées. Il semblerait que ces deux lieux d'élevage ont empêché le Kouznetsk de disparaître.

Au dernier recensement, peu indicatif, l'effectif était compris entre 100 et 1000 individus en 1988. De nos jours, elle est reconnue en danger d'extinction.

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