Issu de poneys mongols, chinois et d'Asie du sud est, le Kuningan, qui ne possède pas de Stud-book, est le fruit du croisement de ces derniers au cours du au VIIème siècle lorsque les premiers chevaux ont été apportés sur l'île comme cadeau pour le roi de Java de la part du roi de la dynastie Kwan. Quatre siècles plus tard, soit au cours du XIIème, la cavalerie Juan emmènera des chevaux chinois à Java.
La race, qui fait partie du groupe des poneys d'Asie du sud est, s'est ensuite adaptée à l'environnement local.
Probablement populaire à cet époque, le Kuningan était élevé sur des plaines côtières qui étaient généralement la propriété d'aristocrates. Quand le cheptel devenait trop grand, l'excédent était vendu, ce qui engendra un commerce très rentable.
Mais en 1817, le Kuningan sera en voie de disparition, car les élevages se sont raréfiés au départ des propriétaires. L'effectif, qui était au dernier recensement, de 15000 individus en 1997, laisse penser que la situation de la race s'est améliorée, même si ce chiffre diminue d'année en année.