Créée à la fin du XIXème siècle dans des fermes collectives et d'état localisées dans les steppes de l'ouest du Kazakhstan, le Kustanair est issu du croisements entre des juments de race Kazakh et des étalons qui sont le Pur Sang, le Don, l'Arabe Strelet, aujourd'hui disparu, le Kalmouk et une variété du Selle Russe, l'Orlov Rostopchine. Le fruit de ce croisement a été de nouveaux croisé avec les mêmes races d'étalons.

Mais les premiers individus n'étaient pas à la hauteur des espérances. Pour parvenir au résultat souhaité, la qualité de la gestion de l'élevage ainsi que la jumenterie ont été revus. Il a aussi été décidé d'augmenter l'apport du Pur Sang au cours des années 1920. Tous ces efforts ont permis la naissance de la race Kustanair.

Au fur et à mesure de la sélection, qui va se prolonger jusque dans les années 1930, le modèle va se diviser en deux, un cheval de selle et un cheval de trait léger.

Son développement majoritairement effectué dans les élevages de Kustanai, d'où son nom, et de Maikulski, aura duré plus de 60 ans, de 1887 à 1951, date où la race a été officiellement reconnue.

Le Kustanair qui était très répandu dans les années 1980, avec un effectif de plus de 41000 individus, est devenu aujourd'hui la moins répandue du pays.