Les origines du Lehmkuhlener remonte au début du XXème siècle sur le domaine de la baronne Agnes von Donner nommé Lehmkuhlen, d'où le nom de la race, situé à proximité de Preetz dans la région de Schleswig Holstein. Lors de l'acquisition de l'étalon « Marquis Ito » ainsi que celle de quelques juments de race Dülmen appartenant au duc de Croy, un ami de la baronne, ainsi que quelques juments anglaises, les premières tentatives de développement ont eu lieu. Dès le début elle a eu l'initiative de tenir scrupuleusement sont propre registre d'élevage. Initialement, la baronne a élevé des poneys pour ses propres enfants, ensuite elle décida de développer sa propre race et a régulièrement donné des poneys à son entourage. La popularité croissante de la race à permis son accroissement, tant et si bien que plus de 60 poneys vivaient sur les pâtures de Lehmkuhlen.

Ensuite, le Lehmkuhlener a même été reconnu, pour enfin être enregistré et inscrits dans le nouveau Stud-book de la « Reich Association for Breeding and Testing of German Warmbloods » à partir de 1936, puis à partir de 1942 dans le « German Small Horse Studbook » avec l'« Association of Small Horse Breeders Germany » avec le Dülmen, enfin à partir de 1947 dans le Stud-book des chevaux Schleswig Holstein de Hambourg.

La Baronne s'est vue contrainte de vendre le domaine, pour des motifs financiers en 1953, et en même temps de se séparer des poneys, qui en faisaient partie.

Mais après les deux guerres, le Fjord norvégien sera plus populaire dans le pays du fait de sa force, utile pour la reconstruction. C'est ainsi que le Lehmkuhlener s'est répandu dans toute l'Allemagne pour le conduire vers une extinction probable si rien n'était fait. Aucun élevage n'étant organisé, la race a été considérée comme éteinte, suite à l'abandon du Stud-book par le dernier grand éleveur, Hans Kurt von Eben.

De nos jours, le Lehmkuhlener doit notamment sa survie à trois éleveurs qui sont Hans Kurt von Eben, qui est l'un des premiers sauveteurs, en faisant l'acquisition de l'étalon Lehmkuhlener « Sirius » et d'une jument avec beaucoup de sang Lehmkuhlener provenant du haras Seegalendorf, ainsi que Götz von Donner et Friedrich Lilienthal.

Après la mort de Hans Kurt von Eben, une petite partie de son cheptel a été conservé par sa soeur, Britta von Busse, qui élève encore le Lehmkuhlener aujourd'hui. Le jeune étalon « Ito II » est parti chez Katrin Ruser Götz von Donner qui a acheté l'étalon « Seidlitz » et quelques poulinières de l'élevage de Hans Kurt von Eben afin de faire perdurer la race fondée par sa grand-mère Agnes von Donner dans sa ferme de Galloway. Un objectif d'élevage a été établi et le relais s'est fait dans le maintien du livre de race manuscrit tenu par sa grand-mère, et Hans Kurt von Eben.

L'histoire de son évolution continu sur plusieurs années, mais il est clair que la race a aussi été sauvée par la petite fille de la Baronne qui a poursuivre l'élevage du Lehmkuhlener, sans doute par nostalgie.

La race n'a pas été reconnue entres autres parce que la population reproductrice a été jugée trop petite pour la sauver, que les Stud-books manuscrits n'ont pas été conservés correctement et que les individus avait trop de sang gallois, même si cette caractéristique a toujours été présente dans la race.

Au dernier recensement, il existait encore des poneys Lehmkuhlener en race pure et il n'y a toujours aucune association qui ne souhaite gérer le cheptel et le reconnaître à nouveau comme une race à part entière, ce qui fait qu'elle reste, à ce jour, répertoriée comme éteinte.