Logstor se trouve sur la péninsule du Jutland, au large des rives est de l'île de Livø et sur une partie d'une réserve naturelle protégée.
Le territoire s'étale sur 217 kilomètres carrés, pour une population de 10270 habitants, selon le recensement de l'année 2005. Copenhague, la capitale du pays, est à une distance, à vol d'oiseau, de 249 kilomètres de son centre géographique.