Races anciennes d'au moins 300 ans aux origines qui ne sont pas connues, le Lokaï est probablement, selon certaines sources, issu du Mongol. Il est aussi considéré comme un descendant du cheval des peuples Hittites vivant en Anatolie au IIème millénaire avant notre ère et qui se éparpillés à la suite de leur empire 1200 ans avant notre ère.

La sélection de la race a débuté dans les régions de montagnes du Tadjikistan et s'est orienté sur une base de chevaux à la fois agile et résistant, pouvant tout autant être utilisé attelé que monté.

Une deuxième sélection, bien plus déterminante pour la race, a été effectuée par la tribu Lokaï, d'où son nom, en procédant à des croisements à la suite de son installation dans l'est en provenance de la Mer d'Aral. Pour ceci, des souches locales ont été employées, ainsi que des chevaux originaires d'Asie centrale comme le Iomud, le Karabair, le Turkmène et l'Akhal Téké. Quelques temps plus tard, il a été de nouveau croisé avec l'Arabe en provenance de Bukhara, le Pur sang et le Tersk.