L'origine lointaine du cheval de Lombok remonte aux chevaux sauvages d'Asie centrale. Il est admis que les ancêtres de ces équidés ont été introduits dans l'archipel indonésien il y a plusieurs millénaires, probablement par des vagues de migrations et d'échanges commerciaux en provenance de Chine et de Mongolie, transitant par l'Asie du Sud-Est continentale.

Ces chevaux primitifs étaient petits, dotés d'une résistance exceptionnelle à la chaleur et à l'humidité, des caractéristiques qui allaient devenir le socle génétique de la race.

L'histoire du cheval de Lombok prend un tournant décisif avec l'intensification du commerce maritime. L'île de Lombok, située sur les routes stratégiques entre Java et les Moluques, a vu passer de nombreuses puissances :

L'Influence Arabe : Dès le XVIIe siècle, les marchands arabes introduisent des étalons de sang oriental dans l'archipel. Ces croisements ont apporté au cheval de Lombok une plus grande finesse de tête et une endurance accrue, tout en conservant sa petite taille originelle.

L'Époque Coloniale Néerlandaise : Durant la colonisation par la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (VOC), le cheval est devenu un outil logistique essentiel. Les Néerlandais ont favorisé les échanges de reproducteurs entre les îles voisines (notamment avec les chevaux de Java, de Sumba et de Sumbawa), créant un brassage génétique qui a stabilisé le type « Lombok » tel qu'on le connaît aujourd'hui.

Contrairement aux chevaux de l'île voisine de Sumbawa, qui étaient exportés en grand nombre, le cheval de Lombok est resté plus étroitement lié à son territoire. Cet isolement relatif a permis de fixer des traits morphologiques spécifiques : une grande robustesse des membres et une capacité à travailler sous des climats tropicaux intenses avec une alimentation frugale.

Le cheval n'était pas seulement un outil, mais un membre de la famille pour les populations locales (les Sasaks), jouant un rôle central dans l'agriculture et le transport de marchandises à travers les reliefs volcaniques de l'île.

Avec l'évolution des besoins de transport au XXe siècle, l'histoire du cheval de Lombok s'est confondue avec celle du Cidomo. Le Cidomo est une petite charrette traditionnelle à deux roues (souvent équipées de pneus de voiture) tirée par un cheval de Lombok.

Sur les îles Gili (voisines de Lombok) où les véhicules motorisés sont interdits, le cheval de Lombok est devenu, à partir des années 1970, le pilier de l'économie touristique et du transport local. Cette fonction a permis de sauvegarder la race à une époque où la motorisation faisait disparaître de nombreuses autres populations équines en Indonésie.

Aujourd'hui, le cheval de Lombok est reconnu comme l'une des huit races de chevaux indigènes d'Indonésie. Bien que son effectif reste stable grâce à son utilisation utilitaire persistante, il fait l'objet d'une attention particulière de la part des autorités locales pour préserver son intégrité génétique face aux croisements désordonnés avec des races de sport plus grandes.