Le Lusitanien et le Pure Race Espagnole sont intimement liés par leurs origines. Les deux sont présents dans la péninsule Ibérique depuis la préhistoire, comme en atteste les peintures rupestres de la grotte de La Pileta sur le territoire de Malaga.

Certains pensent que l'Andalou et le Lusitanien sont la même race, qu'ils sont uniquement différenciés par le pays dans lequel ils sont nés. D'autres sont opposés à cette opinion, car une race est le résultat, non seulement d'un capital génétique, mais aussi du biotope dans laquelle elle se développe.

Descendant direct d'un cheval ibérique qui a traversé l'Orient, jusqu'en Afrique du Nord, puis en Asie Mineure, jusqu'à la Chine du 1er Empereur, le Lusitanien est le plus ancien cheval de selle du monde, dont les origines équestres remontent à environ 5000 ans.

Pour Ruy d'Andrade (un historien portugais qui a été un des plus fervents défenseurs du Lusitanien), des tribus espagnoles auraient employés ces chevaux dès le IVe millénaire avant notre ère.

La peinture rupestre datant 15 000 ans avant notre ère et découverte en Espagne, qui montre un harnais peint sur un cheval, serait une preuve de l'utilisation du cheval dans la péninsule ibérique bien avant la période officiellement admise, mais cette théorie ne fait pas la majorité.

Des recherches indiquent que l'Andalou et le Barbe sont très proches, probablement parce que ces deux types de chevaux ont été élevés sous l'influence de l'autre, que cela soit en Afrique du Nord ou dans la Péninsule Ibérique.

Avant l'époque moderne, les races ce chevaux européennes portaient souvent le nom de la région où ils évolue, par la même, celui du Lusitanien vient de la zone de « Lusitania ».

Les guerres coloniales portugaises, qui ont eu beaucoup d'impact sur les haras du Portugal à partir de 1961, ont fortement menacées les lignées, dont les meilleures ont été sauvegardées grâce aux efforts des éleveurs.

En effet, malgré la loi provoquera l'arrêt de la production de chevaux destinés à la cavalerie au Portugal, quelques haras vont secrètement continuer leur activité avec des chevaux, qui proviennent de contrebandiers, ou qui sont volés en Espagne.

Le potentiel génétique du Lusitanien, puisé dans des juments de différentes origines, à permis une sélection pointue, et l'amélioration, de génération en génération, de son modèle, et de son tempérament incomparable.

C'est au cours de cette période que les chevaux ibériques d'Espagne et du Portugal, qui était sans distinction nommés « Andalou », vont changés respectivement de nom. Ainsi, à partir de 1966, lors de la séparation du Stud-book des deux pays, la race au Portugal va porter le nom de « Lusitanien », et en Espagne, leurs chevaux vont prendre le nom de « Pure Race Espagnole ».

De nos jours, le Lusitanien parvient à conserver son prestige, déjà reconnu tant par les grecs, que par les romains, qui le considérait comme le meilleur cheval de selle. Il est depuis plusieurs millénaires utilisés comme reproducteur de la mer Méditerranée, jusqu'à la Mer Noire, et la Mer Caspienne.