Bien que les origines exactes de l'arrivée du cheval en Indonésie restent débattues, les historiens s'accordent sur le fait que le cheptel de Sulawesi descend de chevaux introduits par les commerçants d'Asie continentale. Dès le premier millénaire, des échanges fréquents avec la Chine et l'Inde ont probablement permis l'introduction de poneys de type mongol ou tibétain.

Ces chevaux se sont adaptés au climat tropical humide et au terrain accidenté de l'île, développant une petite taille, une grande rusticité et une résistance exceptionnelle aux maladies locales.

Sous les sultanats de Gowa et Tallo (XIVe - XVIIe siècles), le cheval est devenu un symbole de statut social et un outil militaire indispensable. La cavalerie de Macassar était réputée pour sa mobilité dans les rizières et les montagnes.

Le port de Macassar étant une escale incontournable sur la route des épices, la race a bénéficié de nouveaux apports génétiques. Les commerçants arabes et portugais ont introduit des chevaux de sang oriental (Arabe et Barbe), qui ont affiné la silhouette des poneys locaux tout en augmentant leur endurance.

Avec l'arrivée de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (VOC) au XVIIe siècle, la gestion de l'élevage a changé. Les Hollandais, ayant besoin de chevaux pour le transport des marchandises (café, épices) et pour leurs propres troupes, ont encouragé l'élevage de masse dans les plaines du sud de Sulawesi.

C'est à cette époque que des croisements avec des chevaux européens et des Pur-sang ont été tentés pour augmenter la taille de la race de Macassar. Ces mélanges ont donné naissance à un cheval plus polyvalent, capable de tirer les célèbres charrettes locales, les Ben-hur, et de servir de monture pour les colons.

Tout au long du XIXe et du XXe siècle, le cheval de Macassar a été au centre des traditions locales des ethnies Bugis et Makassar.

Les Courses Traditionnelles : L'histoire de la race est jalonnée de courses rituelles organisées lors des fêtes de récolte, où l'agilité du poney était mise à rude épreuve.

Le Transport Urbain : Avant l'arrivée des véhicules motorisés, le poney de Macassar était le moteur principal de l'économie urbaine, assurant le transport des biens et des personnes dans toute la région de Gowa et Maros.

Au cours de la seconde moitié du XXe siècle, la motorisation et le croisement systématique avec d'autres races indonésiennes (comme le poney de Sumbawa ou de Sumba) pour créer des chevaux de sport plus grands ont menacé la pureté de la souche originelle de Macassar.

Aujourd'hui, l'histoire de la race se poursuit à travers des efforts de préservation locale. Bien que moins célèbre que le poney de Java ou de Sandalwood, le cheval de Macassar reste un témoin vivant de l'histoire commerciale et coloniale de l'Indonésie, représentant la résilience d'un peuple et de son territoire.