Race dont les origines remontent aux chevaux locaux de Petite Pologne, le Malopolski est issu du croisement entre ces chevaux et l'Arabe. Au cours du XVIIème siècle la race sera ensuite influencée par le Wielkopolski. Pour finir, il sera croisé avec le Pur Sang, l'Arabe Shagya, le Gidran, l'Anglo Arabe, le Furioso, le Demi Sang Polonais Przedswit et le Nonius.

Le résultat de ces croisements, dont l'Arabe et le Pur Sang ont apporté une contribution majeure, formera un cheval proche de l'Anglo Arabe. L'année 1945 verra la constitution de la jumenterie initiale au moyen de 16 reproductrices qui ont été soumises à une sélection basée principalement sur la noblesse et la beauté.

En 45 ans, le cheptel des juments va fortement augmenter pour arriver à un nombre de 100 individus en 1998. C'est en 1962 que la race va recevoir son nom officiel et en 1963 ce sera l'année de la création du Stud-book.

Malgré une popularité qui fut longtemps stable, la population va commencer à décliner à partir de 1999. De plus, le nouveau type demi-sang Polonais, qui lui va connaître une augmentation de ses effectifs, va porter préjudice à l'ancien type.

Même si les organisations ne sont pas d'accord sur l'état de la race, certains la considère comme non menacée, et d'autres comme en danger d'extinction, il est incontestable que des appels pour protéger et maintenir la race ont été lancés.