Race dont les origines premières se situent dans la région sud du Minas Gerais, le Mangalarga Paulista, nommé aussi Selle Brésilien, est directement lié au Mangalarga Marchador, car auparavant il s'agissait d'une seule et unique race, issue d'un étalon Alter Real, nommé « Sublime » et originaire du Haras Royal d'Alter do Chão au Portugal, mais aussi du Criollo et de juments de Fazenda Campo Alegre au Brésil.

Au cour de l'évolution du Mangalarga, une partie du cheptel a été emmené à Sao Paolo, d'où la race tire son nom, suite à la migration de la famille Junqueira. Ce groupe va être croisé avec le Pur sang, l'Arabe, l'Anglo Arabe et l'American Saddlebred. Le type de modèle obtenu ne correspondait plus au Mangalarga original et ce désaccord, entre les éleveurs de Minas Gerais et de Sao Paolo, provoqua la division des deux types.

Depuis sa création en 1934, l'Association brésilienne des éleveurs de Mangalarga (ABCCRM) travaille afin de faire valoir les qualités de la race en marquant la différence qui existe entre les deux types du cheval Mangalarga. L'ABCCRM se donne aussi comme ligne de conduite l'amélioration et la sélection du Mangalarga Paulista, afin d'obtenir un cheval de travail et de sport moderne, tout en gardant les caractéristiques propres à la race, surtout son allure caractéristique au trot.