Race assez anciennes, le Manipur tient ses origines de Manipur, d'où son nom, mais également d'Assam en Inde. Il est le centre d'un désaccord en ce qui concerne son ascendance. Certains pensent qu'il serait le descendant du Tibétain qui aurait été amené dans cette zone de l'Inde il y a plus de mille ans, pour d'autres il serait issu du croisement entre le Cheval Sauvage de Mongolie et l'Arabe, arrivé dans le pays lors des invasions des tribus Tatars.

Ces deux théories étant probable, il n'y a pour le moment aucune confirmation de l'exactitude de l'une d'entres elles. En effet, les premiers écrits de la race remontent à 1584 et ont été trouvé dans les chroniques royales de Manipur que l'on appelle Cheitharol Kumbaba. Ensuite, des traces du Manipur vont être trouvées au début du XVIIème siècle dans la littérature locale.

Les Birmans, lors de leurs invasions dans le pays, vont fortement affecter l'effectif de la race, puisqu'ils vont tenter de l'anéantir pour priver à la cavalerie de Manipur de leur monture. Ils vont aussi être perquisitionné pendant la Seconde Guerre Mondiale qui a eu lieu de 1939 à 1945, pour les troupes britanniques.

Pour promouvoir la race, mais aussi de la protéger, l'association « la Manipur Horse Riding and Polo » est fondée en 1977. Mais le Manipur va continuer à décliner au cours de la seconde moitié du XXème siècle. Afin d'empêcher la race de s'éteindre définitivement, un parc du patrimoine et un centre d'élevage près d'Imphal voient le jour à l'initiative de la « Manipur Horse Riding and Polo Association » dans les années 2000 soutenu plus tard par le gouvernement de l'État de Manipur qui met à la disposition de la race plusieurs terrains en 2014.

D'autres actions vont être mises en place, mais le manque d'intérêt de la part du gouvernement de l'Inde laisse penser que le Manipur ne pourra pas échapper à son extinction.