Cheval qui s'est adapté à l'environnement de son lieu de vie, le Marajoara, nommé aussi Baixo Amazona en portugais et portant le synonyme de Cheval de l'Île de Majaro, a probablement débarqué sur son île au début du XVIIIème siècle en provenance de Bélem, ville de l'estuaire des fleuves Tocantins et Pará situé au nord du Brésil, mais originaire de Cap-Vert.

Il a ensuite été croisé avec l'Arabe et le Lusitanien, puis s'est ensuite adapté à son environnement difficile dans lequel il existe deux saisons, une où la pluie est constante et une autre où la sécheresse s'installe.

Fruit d'une sélection naturelle, le Marajoara n'est pas une race à proprement parler, mais une variété de chevaux qui a été forgé au fil du temps. Il ne possède d'ailleurs pas de Stud-book.

Son adaptation était si réussie que l'effectif a augmenté de manière inquiétante et au cours du XIXème siècle une régulation s'est imposée pour maintenir un équilibre dans la faune et la flore de sa zone d'élevage.

Même si le nombre d'individus total est considéré comme rassurant, les multiples croisements non sélectifs font qu'il existe très peu de sujets purs. Pour cette raison des projets de sauvegarde ont été mis en place, pour conserver les gènes uniques de cette variété. Le plasma germinatif est conservé, sous l'égide de l'EMBRAPA en Amazonie orientale et fait l'objet de recherche.