Les chevaux sont traditionnellement élevés en semi-liberté. Ils partagent les vastes savanes inondables avec les troupeaux de buffles. Ce mode de vie « sauvage » garantit le maintien de la rusticité de la race.

La race est encadrée par l'Association brésilienne des éleveurs de chevaux Marajoara (ABCCM). Elle fait également l'objet de programmes de conservation par l'Embrapa (organisme de recherche agricole brésilien), qui considère le Marajoara comme un réservoir de gènes précieux pour la résistance aux maladies tropicales.

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