Cheval des marais qui doit son nom à l'endroit où il est historiquement apparut, le Marismeña est l'une des plus anciennes races du continent européen, dont les premières traces remontent des Tartessos. Certains pensent que la race a probablement été la matrice originale des traditions d'élevage qui se sont développées sur le continent américain à partir du XVIème siècle.

Issu des chevaux primitifs qui vivaient dans les marais du fleuve Guadalquivir, le Marismeña a été l'objet, tout au long de son évolution, de croisements avec d'autres races, majoritairement d'Afrique du Nord. Il est également fait mention que la race serait la forme ibérique dont provient les chevaux qui ont été emmenés en Amérique au cours des voyages de Christophe Colomb. Cela sous entend, qu'il pourrait être l'ancêtre des chevaux ibériques, ou tout du moins une variété locale.

Signalée comme en danger d'extinction, la race, qui a souffert de la sécheresse et du manque de nourriture au cours l'année 2012, est gérée par la « Asociación Nacional de Criadores de Ganado Marismeño » qui a pour responsabilité de préserver l'activité équine Marismeña, mais également la race bovine du même nom.