L'histoire du Marismeño plonge ses racines dans la nuit des temps. Des études génétiques et archéologiques suggèrent que ce cheval descend directement des populations équines sauvages qui peuplaient la péninsule ibérique durant le Pléistocène.

Les gravures rupestres trouvées dans les grottes d'Andalousie présentent des silhouettes de chevaux dont la morphologie (profil convexe, robustesse) est étrangement similaire à celle du Marismeño actuel. Contrairement à d'autres races espagnoles influencées par des apports extérieurs, le Marismeño est resté isolé dans l'écosystème unique des Marismas (marais), préservant ainsi un patrimoine génétique d'une pureté archaïque.

Le parc national de Doñana, en Andalousie, est le théâtre exclusif de son évolution depuis des millénaires. Le cheval Marismeño est le produit d'une sélection naturelle féroce imposée par cet environnement :

L'alternance extrême : Des mois d'inondations hivernales suivis de sécheresses estivales brutales.

L'isolement : Les marais ont agi comme une barrière naturelle, limitant les croisements avec les chevaux domestiques.

Ce mode de vie en semi-liberté totale a forgé une race capable de se nourrir de végétation aquatique et de survivre dans des conditions où n'importe quel autre cheval périrait.

L'un des chapitres les plus glorieux de son histoire se déroule au XVee et XVIe siècles. Lorsque les explorateurs espagnols, comme Christophe Colomb, partent vers les Amériques, ils cherchent des chevaux capables de supporter les traumatismes du voyage en mer et de survivre dans des environnements tropicaux ou marécageux inconnus.

Le Marismeño, habitué aux conditions extrêmes, est le candidat idéal. Il est aujourd'hui prouvé que le sang du Marismeño coule dans les veines des Mustangs d'Amérique du Nord et des chevaux Criollos d'Amérique Latine. Cette race humble des marais est donc l'ancêtre direct de l'épopée équestre américaine.

L'histoire humaine du Marismeño est indissociable d'un événement annuel : la Saca de las Yeguas (le retrait des juments).

Origine : Cette tradition est documentée depuis au moins 1504, sous le règne de Ferdinand le Catholique, qui a régulé l'utilisation des pâturages de Doñana.

Le rite : Chaque année, le 26 juin, les éleveurs traditionnels (les yegüerizos) entrent dans les marais pour rassembler les juments sauvages et les conduire jusqu'au village d'Almonte. Cet événement historique a permis de maintenir un lien entre l'homme et la bête tout en préservant le caractère sauvage de la race.

Malgré son ancienneté, le Marismeño a longtemps été ignoré par les instances officielles, souvent confondu avec un type « dégénéré » du Pure Race Espagnole (PRE). Ce n'est qu'au début du XXIe siècle que les efforts des éleveurs d'Almonte et des chercheurs scientifiques ont porté leurs fruits.

En 2003 : Le cheval Marismeño a été officiellement reconnu comme une race distincte par le ministère espagnol de l'Agriculture.

2026 : Il est classé comme race en danger d'extinction, faisant l'objet de programmes de conservation rigoureux pour protéger ce qui est considéré comme l'un des « joyaux génétiques » de l'Europe.