On sait aujourd'hui que le cheval est présent en Inde depuis au moins 2500 ans avant notre ère, grâce aux os de cheval découverts à Surkutoda à Kutch, dans l'État de Gujarat.

Mais les origines du Marwari, restent très obscures, certains pensent qu'il descendrait de l'Arabe et du Turkmène, ou du Mongol. Par ailleurs, il ressemble au Kathiawari, avec qui il partage ses ascendants.

Ce cheval élégant et fort, a fait preuve de beaucoup de bravoure et de loyauté sur les champs de bataille, notamment au Moyen Âge. La littérature de l'État de Rajasthan ne manque pas de vanter ses exploits héroïques, où il traversait les villes, et les forts, en franchissant de hautes barrières.

Certains ont laissé leur trace comme « Chetak » de Maharana Pratap, « Udal » d'Amar Singh Rathore, en sautant les murs du fort d'Agra, « Kesar Kalmi » de Pabuji, et « Arbud » de Veer Durga Das.

Le berceau principal de la race se situe dans la zone de Malani, du district de Barmer dans la Région de Marwar, d'où son nom, dans les villages de Nagar, Gudha, Jasol, Sindhari, Bakhasar, Posana, Badgaon, Daspan, mais également dans quelques zones de Sanchore Tehsil du district de Jalore, et certaines zones de North Gujrat.

Mais, si le Marwari a traversé les époques en conservant ses qualités, c'est aussi par le travail d'éleveurs célèbres des districts voisins de Pali et Jodhpur. Il a est ensuite arrivé dans le District d'Udaipur, de Jaipur, Ajmer et même dans l'État de Gujarat et Kathiawar, et aussi dans d'autres États.

Toutefois le Marwari a connu une période sombre lors de la domination britannique en Inde, à cause de croisements qui lui ont fait perdre sa pureté, notamment avec le Pur Sang, et des chevaux australiens, amenés sur le territoire indien par les colons.

Quand le système Jagir, type de concession de terre féodale, a été aboli après l'indépendance, il n'a plus été possible de maintenir l'élevage, et de nombreux chevaux ont commencé à disparaître. En effet, en raison de la limite de propriété, les terres disponibles ne suffisaient plus pour alimenter le cheptel.

Ensuite la Première Guerre mondiale et la généralisation de la mécanisation ont pris le relais, ce qui a encore été une étape difficile pour la race, et petit à petit le nombre a diminué, jusqu'à un niveau inquiétant.

Si des passionnés n'étaient pas intervenus, en gardant les bonnes lignées, le Marwari n'existerait sans doute plus aujourd'hui, sans oublier le Raja Bhupat Singh d'Umaid Nagar, qui a apporté une contribution non négligeable en tant qu'éleveur.

En 1998, la « Société du Cheval Marwari de l'Inde » a été fondée. Nommée initialement « Marwari Horse Society », elle change de nom changera en 2003 pour « All India Marwari Horse Society ». Cet organisme, qui est maintenant national, a pour objectif de promouvoir, préserver, et protéger le Marwari.

Selon une estimation de la population de 2009, le Marwari avait un effectif en Inde de seulement 500 individus.