Constituant une des plus anciennes races de Croatie, le Medimurje est le premier cheval croate autochtone a avoir été enregistré au moyen d'une généalogie unique. Selon certains, c'est la seule race au monde qui a été formée en élevant des étalons à sang froid en provenance d'Europe occidentale, qui ont été croisés avec un cheptel de juments à sang chaud issue de l'Arabe.

C'est entre le XVIIIème siècle et le XIXème siècle, que ces chevaux autochtones vont servir de base pour créer le Medimurje, en le croisant systématiquement avec le Percheron, le Flamand et l'Ardennais, et dans une moindre mesure avec le Belge et le Bourguignon. Certaines sources pensent que le Norique a également contribué à son développement.

C'est lors de son apogée, au début du XXème siècle, que son déclin va s'enclencher inexorablement. D'abord à cause des deux guerres mondiales (de 1914 à 1918 et 1939 à 1945) où un grand nombre d'individus de la race va périr, puis, comme beaucoup d'autres races, par la généralisation de la mécanisation qui va aggraver les choses. Les paysans qui possède un Medimurje, ou plusieurs, vont le vendre, soit pour travailler dans les forêts, car les tracteurs ont peu d'accès, soit pour finir dans un abattoir, ce qui va concerner la majorité.

L'association des éleveurs de chevaux de Medimurje, fondée en 1991, a réalisé beaucoup d'actions, mais elle n'obtiendra, initialement, aucun soutien des institutions. Enfin, en 2018, le comté de Medimurje adoptera la Déclaration sur la préservation et la protection des races d'animaux domestiques indigènes de Medimurje, et une place de choix va être réservée à la race. En juin 2020, date du dernier comptage, il ne restait qu'une trentaine d'individus, ce qui en fait une race très menacée.