Race la plus petite, mais aussi, la plus ancienne du Caucase, le Megruli remontent, selon des sources historiques géorgiennes, au IIème siècle ou IIIème siècle. Descendant directe du Kolhuri, ou Colchide, ce cheval local, va longtemps rester pur et s'adapter aux conditions environnementales difficiles de la zone de plaine, à forte humidité, de la côte de la mer Noire en Géorgie.
Afin de parvenir à augmenter sa taille, des croisements expérimentaux vont être effectués avec le Kabardin. Mais le succès ne sera pas au rendez-vous, pire, la race va y perdre certaines de ses qualités. Pour cette raison aucun autre apport ne va être réalisé par la suite.
De nos jours, le Megruli est devenu très rare, il est d'ailleurs considéré comme une race en danger d'extinction.