L'origine exacte du Merak Saktenpata se perd dans les brumes des légendes himalayennes. Historiquement, ce cheval descend des anciennes souches de poneys de montagne d'Asie centrale et du Tibet. Il appartient au groupe des poneys bhoutanais, mais il s'en distingue par une histoire marquée par l'isolement géographique.

Pendant des siècles, les échanges entre le Tibet et le Bhoutan oriental ont permis l'introduction de chevaux tibétains qui, croisés avec les populations locales robustes, ont donné naissance à ce poney unique, capable de survivre à des altitudes dépassant les 3 000 mètres.

Le développement de la race est intimement lié au mode de vie des Brokpas (littéralement « les gens des pâturages »). Ces éleveurs de yacks et de moutons ont façonné l'histoire du Merak Saktenpata par nécessité fonctionnelle.

Dans ces vallées isolées, le cheval était le seul moyen de transport fiable. L'histoire de la race s'est construite sur les routes du sel, de la laine et du grain. Le Merak Saktenpata servait de pont entre les communautés isolées et les centres commerciaux du sud, transportant les produits de l'élevage contre les denrées de première nécessité.

L'histoire du Merak Saktenpata n'est pas celle d'un stud-book écrit, mais celle d'une sélection naturelle rigoureuse. Le climat rigoureux de Merak et Sakteng, caractérisé par des hivers longs et des terrains accidentés, a agi comme un filtre.

Seuls les individus dotés d'une cage thoracique large (pour l'oxygène rare), de sabots extrêmement durs et d'une capacité à se nourrir de pâturages pauvres ont survécu. Cette évolution en vase clos a permis de stabiliser les caractéristiques génétiques de la race, la rendant distincte des autres poneys du Bhoutan (comme le Yuta ou le Boeta).

Jusqu'à la fin du XXe siècle, le Merak Saktenpata était largement méconnu en dehors de sa région d'origine. Avec l'ouverture progressive du Bhoutan et les efforts nationaux pour répertorier le patrimoine génétique animal, la race a été officiellement identifiée comme l'une des quatre variétés distinctes de poneys bhoutanais.

Le gouvernement royal du Bhoutan, conscient de la valeur culturelle et biologique de cet équidé, a mis en place des programmes de conservation au cours des dernières décennies. L'histoire récente du Merak Saktenpata est celle d'une lutte pour maintenir sa pureté génétique face à l'amélioration des routes (qui réduit le besoin de chevaux) et aux croisements non contrôlés.