L’histoire du Mérens commence bien avant les chroniques écrites. De nombreux historiens et hippologues voient en lui le descendant direct des chevaux magdaléniens représentés il y a 13 000 ans sur les parois de la grotte de Niaux. Sa morphologie actuelle, silhouette trapue, crins abondants, profil légèrement concave, présente des similitudes frappantes avec les dessins rupestres.

Installé dans les massifs isolés des Pyrénées, le Mérens a traversé les millénaires en vase clos, ce qui lui a permis de conserver une pureté génétique et une robe exclusivement noire, adaptée au rayonnement solaire de haute altitude.

Durant l’Antiquité, le Mérens est déjà mentionné par Jules César dans ses Commentaires sur la Guerre des Gaules, où il loue la résistance des petits chevaux noirs de l'Ariège. Au Moyen Âge, il devient l'outil de survie indispensable des paysans pyrénéens. Sa robustesse en fait un cheval polyvalent :

Transport et Bât : Il assure les liaisons entre les vallées isolées.

Agriculture : Il travaille dans des pentes où les bœufs ne peuvent accéder.

Contrebande : Son pied sûr et sa robe sombre en font l'allié idéal des « passeurs » franchissant la frontière pyrénéenne de nuit.

La renommée du Mérens dépasse les montagnes au XIXe siècle. Napoléon Ier utilise massivement ces chevaux pour la traction de l'artillerie légère lors de la campagne de Russie.

Leur résistance au froid extrême et leur capacité à se contenter de fourrages pauvres en font des auxiliaires de guerre précieux. À cette époque, la race commence à être identifiée sous le nom de son berceau d'origine : le village de Mérens-les-Vals.

Comme beaucoup de races de trait et de travail, le Mérens subit de plein fouet la révolution industrielle. Après la Seconde Guerre mondiale, la mécanisation des campagnes et l'arrivée du tracteur rendent le cheval inutile dans les fermes.

Les effectifs s'effondrent de manière dramatique. Dans les années 1960, la race est au bord de l'extinction. Le Mérens ne survit alors que grâce à une poignée d'éleveurs passionnés et à son utilisation résiduelle par les services forestiers ou pour la production de viande.

Le renouveau du Mérens s'amorce dans les années 1970, porté par le mouvement du « retour à la terre » et le développement du tourisme équestre. Sous l'impulsion de l'association SHERPA (créée en 1971), la sélection s'oriente vers un modèle plus sportif, tout en préservant son caractère montagnard.

Le stud-book de la race, officiellement créé en 1948, est rigoureusement géré pour éviter la consanguinité. En 2003, le Mérens est officiellement reconnu comme un « cheval » (et non plus un poney), consacrant ainsi sa stature et son importance dans le paysage équin français.