Comme la plupart des races indonésiennes, le Minahasa puise ses origines dans les poneys d'Asie du Sud-Est, eux-mêmes descendants des chevaux mongols et chinois introduits dans l'archipel par les marchands et les envahisseurs au cours des siècles passés.

À l'origine, le cheval de Minahasa était un poney robuste, de petite taille (environ 1,20 m), utilisé par les populations locales pour le transport léger, les travaux agricoles et comme signe de statut social. Ces chevaux étaient parfaitement adaptés au climat tropical humide et aux terrains volcaniques accidentés de Sulawesi.

Le tournant majeur dans l'histoire de la race survient durant la période coloniale. Les Néerlandais, installés à Sulawesi, souhaitaient disposer de chevaux plus grands, plus rapides et plus élégants pour leurs carrosses et pour la selle.

L'apport Arabe : Pour la finesse et l'endurance.

Le Pur-sang Anglais : Pour la taille et la vitesse.

Le Cheval de selle néerlandais : Pour la structure osseuse.

Ces croisements ont progressivement modifié la morphologie du poney local, créant une souche distincte, plus proche du cheval que du poney, que l'on commença à nommer spécifiquement le « Minahasa ».

L'histoire du Minahasa est intrinsèquement liée à la tradition du Pacu Kuda (courses de chevaux). À Sulawesi du Nord, les courses hippiques sont devenues bien plus qu'un sport : une véritable institution culturelle.

Dès la fin du XIXe siècle et durant tout le XXe siècle, la sélection s'est orientée quasi exclusivement vers la performance. Le Minahasa est devenu le cheval de course par excellence en Indonésie. Les éleveurs de la région de Tomohon et de Manado ont acquis une réputation nationale pour leur savoir-faire, faisant de leur province le premier producteur de chevaux de sport du pays.

Dans la seconde moitié du XXe siècle, l'histoire de la race a pris une tournure plus scientifique. Le gouvernement indonésien et les associations d'élevage ont intensifié les croisements avec des Pur-sangs importés d'Australie et d'Europe pour augmenter encore les performances.

Aujourd'hui, le Minahasa est souvent intégré dans une catégorie plus large appelée « Kuda Sandel-Thoroughbred » (croisement entre le poney Sandalwood et le Pur-sang) ou « Indonesian Sport Horse ». Cependant, les habitants de Sulawesi du Nord revendiquent avec fierté l'identité spécifique du Minahasa, qui conserve des caractéristiques de rusticité héritées de ses ancêtres locaux.