L'Histoire du Miniature Américain est intimement liée à celle du Shetland Américain. Tout a commencé en 1885, quand des poneys Shetland ont été importés aux États Unis, ainsi qu'au Royaume Uni, pour travailler dans les mines de charbon, notamment en Ohio et en Virginie Occidentale.
Afin de pouvoir développer la race dans le pays, l'association « American Shetland Pony Society » (ASPC) a été fondée en 1888. Dans la volonté d'affiner le modèle, des éleveurs l'ont croisé avec le poney Hackney, et probablement avec le Pur Sang et l'Arabe. Le résultat donnera un petit poney de selle et d'attelage à la morphologie élégante. Pour finir, des croisements ont été faits avec le Welsh, le Dartmoor, le Falabella, le Shetland du Royaume Uni et quelques petits poneys de Belgique.
Dans l'objectif de séparer ces poneys du Shetland, une nouvelle section sera crée en 1972 sous le nom de « American Miniature Horse Regitry » (AMHR), qui restera ouvert pendant deux ans, puis à partir du 31 décembre 1973, seuls les individus du AMHR ou issu du AMHR et ASPC vont pouvoir y être enregistrés, ce qui empêcha les éleveurs des poneys importés d'Europe, d'être inscrits dans ce Stud-book. A cette fin, l'« International Miniature Horse Registry » (IMHR) sera crée en 1977, et l'« American Miniature Horse Registry » (AMHA) en 1978.
Finalement, afin de simplifier et de réunir les chevaux miniatures, ces Stud-books ont tous été absorbés par l'« American Miniature Horse Registry » (AMHA).
Désormais, l'AMHA et l'AMHR peuvent enregistrer des miniatures aux États-Unis, mais la majorité des individus élevés à l'étranger sont quant à eux inscrits dans l'AMHA.