Les ancêtres du Miniature d’Australie ne sont pas arrivés sur le continent comme animaux de luxe, mais comme ouvriers. À la fin du XIXe siècle, de nombreux petits poneys, principalement des Shetlands en provenance d'Écosse et des poneys de petite taille venant d'Angleterre, ont été importés pour travailler dans les mines de charbon australiennes.

Grâce à leur petite taille et leur force prodigieuse, ces « pit ponies » naviguaient dans les galeries étroites pour tirer les wagons de minerai. Cette période a permis de fixer une base génétique de chevaux extrêmement robustes, dotés d'une grande résistance physique et d'un tempérament calme.

Avec la fermeture progressive des mines et la mécanisation, ces petits chevaux auraient pu disparaître. Cependant, dans les années 1960, un groupe d'éleveurs australiens passionnés a commencé à porter un nouveau regard sur ces équidés.

L'objectif a radicalement changé : il ne s'agissait plus de produire des animaux de trait, mais de sélectionner les spécimens les plus raffinés pour créer une version « miniature » du cheval de selle. Les éleveurs ont alors commencé à croiser les souches de poneys de mines avec des poneys plus fins, comme le Welsh de type A, pour apporter de l'élégance et des allures plus déliées.

Le moment clé de l'histoire de la race est la création de l'Australian Miniature Horse Society (AMHS) en 1974. Cette organisation a été la première à établir un registre officiel et des standards de race stricts sur le sol australien.

Contrairement à d'autres registres mondiaux, l'Australie a d'abord mis l'accent sur la préservation d'une certaine robustesse héritée de ses ancêtres locaux, tout en exigeant que le cheval miniature ne ressemble pas à un poney trapu, mais bien à un cheval miniature parfaitement proportionné. Dans les années 1980, la race a gagné en popularité, devenant un symbole de prestige dans les zones rurales et périurbaines d'Australie.

À partir des années 1990, l'histoire de la race a été marquée par l'introduction de lignées en provenance des États-Unis (American Miniature Horse). Ces apports de sang ont permis d'affiner encore davantage les têtes et les encolures, poussant le Miniature d'Australie vers l'homothétie parfaite (la réduction exacte du grand cheval).

Aujourd'hui, l'Australie est reconnue mondialement comme l'un des trois grands berceaux de l'élevage miniature (avec les États-Unis et l'Europe), possédant ses propres lignées de champions qui s'exportent désormais vers l'Asie et l'Océanie.