L'origine du cheval Minoussinsk remonte aux populations équines primitives de Sibérie et de Mongolie. Dès l'Antiquité, les peuples nomades habitant les rives du fleuve Iénisseï utilisaient des petits chevaux robustes, proches du poney mongol, capables de survivre à des températures extrêmes en pratiquant le pâturage sous la neige (le tebenevka).

Ces chevaux indigènes constituaient la base génétique de la race : des animaux de petite taille, dotés d'une endurance exceptionnelle et d'une capacité métabolique à stocker des graisses pour l'hiver.

L'histoire de la race prend un tournant décisif avec la colonisation russe de la Sibérie au XVIIIe siècle. L'arrivée de colons agriculteurs et le développement des routes postales trans-sibériennes ont créé un besoin pour un cheval plus grand et plus puissant que le poney local, tout en conservant sa rusticité.

C'est durant cette période que des croisements systématiques ont été opérés entre les juments indigènes de Minoussinsk et des étalons importés de Russie d'Europe, notamment des Trotteurs Orlov, des chevaux du Don et des chevaux de trait russes. Le bassin de Minoussinsk, avec ses riches pâturages, a servi de laboratoire naturel où ces croisements ont prospéré, fixant un type de cheval plus charpenté, apte aussi bien aux travaux des champs qu'au transport rapide.

À la fin du XIXe siècle, le cheval Minoussinsk était considéré comme l'un des meilleurs chevaux de Sibérie. Il était réputé pour sa vitesse au trot et sa résistance infatigable sur de longues distances.

Les foires de la région de Krasnoïarsk attiraient des acheteurs venus de toute la Russie impériale, cherchant des chevaux capables de travailler dans des conditions climatiques où les races européennes échouaient.

À cette époque, les hippologues russes ont commencé à documenter la race, la décrivant comme un intermédiaire idéal entre le poney de steppe et le cheval de selle lourd.

Le XXe siècle a été une période de turbulences pour le cheval Minoussinsk. La collectivisation des terres et la mécanisation de l'agriculture sous l'ère soviétique ont entraîné une diminution drastique des effectifs. La race a souvent été absorbée par des programmes de croisement à grande échelle visant à créer des chevaux de trait plus lourds pour l'industrie forestière et minière.

Pendant plusieurs décennies, le cheval Minoussinsk n'a plus été considéré comme une priorité sélective, et son sang a été dilué dans la population générale des « chevaux de Sibérie ».

Aujourd'hui, le cheval Minoussinsk fait l'objet d'un regain d'intérêt de la part des historiens et des éleveurs locaux qui cherchent à préserver l'identité de ce patrimoine sibérien. Bien que ses effectifs soient restés confidentiels par rapport aux grandes races nationales russes, il est reconnu comme une relique précieuse de l'histoire agraire et militaire de la Sibérie centrale.