Composé de chevaux semi-sauvages probablement influencé par d'autres races locales, le Misaki, qui tire son nom de sa zone d'élevage, n'est pas une race à proprement parler, mais une variété, dont les origines sont obscures, est au centre d'un désaccord.

Pour certains, le Misaki descend de chevaux chinois qui auraient été importés il y a environ 2 000 ans au Japon. Pour d'autres, le développement du Misaki remonterait à la fin du XVIIème siècle. La théorie la plus probable serait qu'il descendrait de chevaux de type mongol qui serait passés par la Corée au cours du Vème siècle. Ce qui est certains, c'est qu'il est génétiquement proche du cheval mongol et qu'il est apparenté au Yonaguni, au Tokara, et sans doute au Noma.

Un élevage sera créé dans la région en 1697 par une famille du nom de Akizuki qui était membre du clan Takanabe durant la période Edo. Le but de cet élevage était de produire des chevaux pour la guerre ainsi que pour les travaux agricoles.

Quand l'élevage va être nationalisé au cours de la révolution Meiji, il sera donné au gouvernement du Japon en 1874, et il deviendra un établissement de biens communs. A partir de là, le Misaki, élevé à l'extérieur, va être quasiment livré à lui-même presque sans aucun contact avec l'homme, sauf lors du retrait d'un reproducteur.

Il est fort probable que le Misaki a fait l'objet d'une influence extérieure, cela expliquerait sa différence génétique avec les autres chevaux natifs du pays. L'autre explication de cette spécificité serait due à l'influence de son environnement au cours de son évolution.

Comme beaucoup d'autres chevaux, la Seconde Guerre Mondial va provoquer une très forte diminution de ses effectifs, c'est à cette époque que le Misaki va être déplacé au cap Toi.

Son classement, avec son biotope, comme monument naturel national par l'agence pour les Affaires culturelles en 1953 et les mesures de protection mises en place en 2003, vont permettre de conserver cette variété proche du cheval japonais primitif.