L'histoire des ancêtres du Misko remonte aux chevaux des tribus illyriennes et aux chevaux de type Tarpan qui peuplaient les montagnes de Bosnie-Herzégovine. Au fil des siècles, ces petits chevaux robustes ont été influencés par les montures de la cavalerie ottomane, intégrant du sang Arabe et Barbe.

Ce mélange a produit un animal unique : petit par la taille, mais doté d'une endurance et d'une noblesse de caractère exceptionnelles.

Le tournant historique majeur survient à la fin du XIXe siècle, lorsque la Bosnie-Herzégovine passe sous l'administration de l'Autriche-Hongrie. L'armée impériale, ayant besoin de chevaux de bât performants pour naviguer sur les terrains escarpés, décide de rationaliser l'élevage local.

En 1893, le haras de Borike est fondé. C’est ici que commence la sélection systématique des meilleures lignées mâles. La lignée Miško est officiellement établie à cette époque, nommée d'après un étalon fondateur exceptionnel qui présentait toutes les qualités recherchées : une force de traction impressionnante, un pied sûr sur la roche et une grande docilité.

Pendant près d'un siècle, la lignée Misko a été soigneusement préservée au sein du haras national de Borike. Elle est devenue l'une des deux lignées mâles dominantes de la race (avec la lignée Barut).

Les chevaux Misko étaient réputés pour être légèrement plus charpentés et plus « porteurs » que leurs cousins, ce qui les rendait indispensables pour les travaux forestiers et le transport militaire dans les zones inaccessibles par les véhicules.

Cette période a vu la fixation de caractères génétiques très forts : une poitrine large, un dos solide et un tempérament volontaire. Le Misko est alors devenu une fierté nationale, symbole de la résilience du peuple bosnien.

La guerre de Bosnie-Herzégovine dans les années 1990 a porté un coup presque fatal à la race et à la lignée Misko. Le haras de Borike a été dévasté, les archives perdues, et une grande partie du cheptel a péri ou a été dispersée. À la fin du conflit, le nombre de représentants de la lignée Misko était tombé à un niveau critique, menaçant de faire disparaître un siècle de sélection génétique.

Face à l'extinction imminente, un mouvement de sauvetage s'est organisé au début des années 2000. Des éleveurs privés bosniens, soutenus par des passionnés en Slovénie et en Allemagne, ont traqué les derniers descendants authentiques de l'étalon Miško.

Aujourd'hui, l'histoire de la lignée se poursuit grâce à l'Association internationale des éleveurs de chevaux de montagne bosniens. Des tests ADN rigoureux sont désormais pratiqués pour garantir que les étalons portant le nom de « Misko » sont bien les héritiers directs de la souche de Borike.