Nommé cheval officiel de l'État du Missouri en 2002, le Missouri Fox Trotter descend des chevaux des colons et des pionniers des plaines d'Ozarks, qui désirait posséder un cheval sûr et facile, capable d'accomplir un travail varié et généralement éprouvant, comme les travaux agricoles, le transport et le travail du bétail sur des terrains accidentés et rocheux, mais aussi avec assez d'élégance pour être attelé pour les déplacements ou monté par les membres de la famille.

Pour ceci, ils ont utilisé les chevaux arrivés lors de la migration vers l'ouest en provenance des collines et des plantations du Kentucky, du Tennessee et de la Virginie. Ces derniers étaient essentiellement issus de l'Arabe et du Morgan et ont ensuite été croisés avec l'American Saddlebred, le Tennessee Walker et le Standardbred, et dans une moindre mesure avec le Pur Sang et le Barbe. Il en résultat un cheval très confortable, capable de parcourir de grandes distances, qui, avec le temps, est devenu la monture privilégiée des médecins de campagne, des shérifs et des éleveurs de bétail.

Aujourd'hui, le Missouri Fox Trotter, qui a conservé toutes ses qualités, est devenu un cheval d'agrément, apprécié pour sa douceur et ses allures confortables. Il est géré par le « Missouri Fox Trotting Breed Association » qui tient le Stud-book de la race. Même si il est peu connu hors de son pays natal, les effectif de la race sont stable.