Originaire de l'île Miyako dans la région extrême sud ouest de la préfecture d'Okinawa au Japon, le Miyako, n'est pas une race à proprement parler, mais une variété indigène dont les ancêtres auraient été introduits pendant l'ère du royaume Ryukyu (de 1429 à 1879). Initialement utilisé par la haute classe dirigeante, il a, au fur et à mesure que la modernisation du Japon progressait pendant la période Meiji (de 1868 à 1912), été plus généralement détenus par la classe ouvrière qui l'employait comme moyen de transport. Puis, lorsque l'industrie sucrière s'est développée, pour travailler dans les champs de canne à sucre.

Après la Seconde Guerre mondiale (de 1939 à 1945), cette industrie a poursuivi sont développement et le Mikayo ne répondit plus aux lourdes exigences du travail imposé. Pour cette raison, le Miyako a été croisés, afin de l'améliorer, avec des chevaux occidentaux, ce qui provoqua une forte diminution des individus purs.

La généralisation de la mécanisation a encore aggravé sa situation, puisque le cheval a été remplacé au profit des automobiles et des machines agricoles. Alors qu'en 1955, il y avait environ 10000 sujets, un recensement de 1976 a révélé qu'il restait seulement 14 individus plus ou moins purs. Cet état de fait a mis en évidence le risque de l'extinction du Miyako, ce qui a conduit à la création de la « Miyako Horse Conservation Society » (MHCS) en 1980.

Dès lors l'importance culturel de cette variété a été reconnue et le Miyako a été envoyé sur d'autres îles, comme l'île d'Aguni. Même si cela a permis une petite augmentation, où de 14 individus, le nombre de chevaux est passé à 41 en 2013, cela ne suffit pas à rétablir un cheptel viable. Le Miyako reste une variété d'élevage traditionnelle qui représente la diversité biologique et culturelle d'Okinawa, et les efforts pour la conserver continue encore de nos jours.