La race a frôlé l'extinction dans les années 1970 (tombant à seulement 7 individus). Aujourd'hui, grâce aux efforts du Comité de conservation du cheval Miyako, on compte environ 40 à 50 individus.

L'enjeu majeur de l'élevage actuel est la gestion génétique. La population étant issue d'un très petit nombre de survivants, les éleveurs et les scientifiques travaillent de concert pour maintenir une diversité génétique minimale et éviter les maladies héréditaires.

La race est classée comme Monument Naturel de la Préfecture d'Okinawa, ce qui interdit toute exportation non autorisée et encadre strictement la reproduction.

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